陈氏对妇女的生理特点，妇科疾病的病因、病机以及治疗均进行了总结，可见其学术思想的概况。他强调了妇女月经的先天来源，突出了冲任、天癸与月经的关系，同时亦不忽视后天脾胃运化的水谷精微在月经产生方面的重要作用。此外，他还将妇女的生理发育和病理变化分为三个类别，即室女、已婚和七七天癸尽数之后，即青春未婚期、已婚期、绝经期三个阶段，来归纳分析不同的病证。即室女期，由于青春期的变化，思虑积想等情志变化为多，故其病多在心脾。而对于绝经之后的胞宫出血，则多考虑肝肾虚热。至于一般的月经失调，则认为多与冲、任、肝、脾有关。对于妇科诸病的病机，陈氏抓住主要病理变化，注重气血逆乱，经脉逆行，五脏功能失常，生化告竭等方面，可谓治病求本。
陈氏论述外科，强调火热为病变之主体，将痈疽的病因总结为“一天行，二瘦弱气滞，三怒气，四肾气虚，五饮冷酒，食炙煿，服丹药。”即对痈疽的病因从正气与邪气两方面加以归纳，或责之人体虚弱、肾气不足，房劳损伤，或由于七情郁滞，膏梁厚味，外感六淫，这些认识颇为深刻。
对于痈疽的辨证，既强调从五脏分证，又注重表里内外，阴阳浅深缓急，同时还注意辨别善恶顺逆，吉凶死生。他所提出的“辨五善七恶”，多为后世医家效法，即“饮食如常，一善也;实热而大小便涩，二善也;内外病相应，三善也;肌肉好恶分明，四善也;用药如所料，五善也。渴而发喘，眼角向鼻，大小便反滑，一恶也;气绵绵而脉涩，与病相反，二恶也;目不了了，睛明内陷，三恶也;未溃肉黑而陷，四恶也;已溃青黑，腐筋骨黑，五恶也;发痰，六恶也;呕吐，七恶也。”并认为五善见三则瘥，七恶则四则危。