董奉也出行在南方一带行医。他所到地方除了治病赈济以外，还遍访名山大川，采集野生植物制成丹药给人治病。有一次到交州(今广东、广西、越南北部一带)，恰遇交州太守士燮病危，垂死已3日。董奉把3粒药丸放入病人口中，用水灌下。稍后，病人手足能动，肤色逐渐转活，半日后即能坐起，4日后能说话，不久病愈。董奉住燮府中，后燮阴谋反叛朝廷，担心董奉泄漏其密谋，欲害之。董奉利用气功装死，骗过燮后逃走。
董奉晚年到豫章(今江西)庐山下隐居，继续行医。《浔阳志·董奉太乙观》记载：“董奉居庐山大中祥符观”。《真仙通鉴》记载：“奉在人间百年，其颜色常如三十许人。”张景诗云：“桃花漫说武陵源，误杀刘郎不得仙。争似莲花峰下客，栽成红杏上青天。”说的是董奉在庐山成仙的传说故事。
也有人说，董奉年青时就离开福建前往江西庐山学道，并为民除害。当时由于江西江河溪涧里多出现巨蟒，常危害人畜，董奉设法杀之。据《庐山志》卷七记载：“浔阳城东门通大桥，常有蛟，为百姓害，董奉治之，少日见一蛟死浮出。”
《庐山志》还记载董奉在江西行医期间，有一县官女儿得了怪病，医疗无效，请董奉医治即愈，于是县令便把女儿嫁给董奉为妻。因董奉长年累月要外出为人治病，怕妻子孤单，便收养一女为她侍候。
董奉医术的高明和不求名利、乐善好施的高尚医德被人们传为佳话，千秋流传。人们把他同当时谯郡的华佗、南阳的张仲景并称为“建安三神医”。后世以“杏林春暖”，“誉满杏林”称誉医术高尚的医家，唤中医为“杏林”。据载今江西九江董氏原行医处仍有杏林。董奉死后，人们在庐山上建有董奉馆;在长乐有一座山被称为董奉山;在福州的茶亭街河上村有一座明代的救生堂，均为纪念董奉。《真仙通鉴》载：“奉在人间百年，其颜色常如三十许人。”可见董奉有一套养生之道。
今古槐镇龙田村境内有董奉山，就是后人为纪念董奉改名的。董奉山原名福山，唐李吉甫《元和郡县志》说福州是“因州西北有福山，故名”。清乾隆《福州府志》按语说：“福山，今名董峰山，属长乐县”，董峰可能是董奉的谐音。有的说，福州得名的福山，就是董奉山。
今在董奉的老家，古槐镇龙田村与雁堂村交界处，建起了颇具规模的董奉草堂。草堂占地20亩，仿后汉三国时代风格而建，四周遍植杏树，使我们能感受“杏林春暖”千古佳话的意韵。
董奉草堂中的景观有中国长乐中医馆、“杏林望重”大屏风、清代名医陈修园专馆南雅堂、“百草园”以及各种石刻等景点。正厅内立董奉“悬壶济世”半身塑像。