公元311年，刘聪兵入洛阳，俘虏司马炽，不久将其杀死。远在长安的西晋遗臣们拥立司马邺为皇帝。然而西晋此时已经没有任何主动作战的能力，朝廷剩下的大臣也多是有才无德、崇尚浮华之辈，这些人掌握权柄终将西晋推向覆亡。公元316年，匈奴军队攻入长安，俘虏司马邺与晋国众臣，命司马邺青衣行酒，执戟开道，甚至为汉王刘聪掀开厕盖。
西晋的尚书郎辛宾不堪其辱，抱着司马邺痛哭，刘聪大怒，喝令将其推出斩首。同年年底，司马邺终被刘聪杀害，葬处不明。司马睿在王导等人的帮助下，南渡建立东晋，尽管一些风言风语称其为牛继马后，而东晋一朝始终由门阀把持朝政，皇帝形同虚设。见此情形，北方的乞伏氏、慕容氏、秃发氏、赫连氏、拓跋氏、沮渠氏等一大批原本忠于西晋的异族势力也纷纷反晋自立。
东晋皇帝被架空了数十年，门阀也以此换了好几拨，终于在元兴二年(公元403年)，桓玄篡夺东晋帝位，建立了桓楚政权。恰逢底层出身的军事将领刘裕，以出色的军事才能和政治野心，联合东晋众臣合力打击桓楚政权，耗费十年精力，最终将其消灭。
平定战乱之后晋安帝司马德宗得以复位，但东晋半壁江山的所有实权也落入了刘裕手中。刘裕后将司马德宗绞死，立其弟司马德文为傀儡皇帝，消灭司马休之，杀害司马文宝、司马文祖，处死司马秀熙，将司马氏子孙玩弄于股掌之上，亦如当年司马昭篡夺魏室。