1600年9月，德川家康于关原合战中击败忠于丰臣秀吉家族的各派势力。1603年就任征夷大将军，于江户设立幕府。对于天皇朝廷，德川幕府制定了禁中及公家诸法，久而久之，日本人只知有将军而不知有天皇，以致“视万乘之尊如孤豚”。
1615年又制定了武家诸法度，将对诸侯大名的干涉行为常规化，未经过幕府同意，各封国不得擅自交往，不得另行新建防御城池。
宽永年间(1624-1643年)，第三代将军德川家光又制定大名参觐交替制。全国大名被分为亲藩、谱带和外样三大类，被认为不可靠的外样大名以九州萨摩岛津家、中国长州毛利家为代表，只得占据最为偏远之领地。如此，德川幕府彻底压制了来自朝廷的权威挑战及来自大名的实力挑战，将日本近世封建制度铸造得极为坚固。而幕府与各国大名统驭社会，依靠的就是武士阶层(即“家臣”)—这是由织田信长、丰臣秀吉开始实施“兵农分离”政策之后，所形成的脱离土地、身怀武艺，为幕府与家主提供忠诚的服务，以获得俸禄的武士“有产”阶层。
一般认为将军直属的“旗本”(近卫军)总数有五千余人，“御家人”(从属于德川家的武士)有17000人，还有“旗本”、“御家人”所拥有的家臣(基本属于“足轻”阶层)。一旦发生战事，幕府以关东江户为核心，可动员兵力达六七万人。德川幕府是日本最大的地主、最大规模武士集团的拥有者，同时还占据着狭长的日本国土上位于中央的最优越的战略位置。
收录于日本古代百科类书籍《拾芥抄》1656年刊行版中的“行基图”，反映了江户时代日本人对于本国地理的基本看法。
江户幕府时代的封建武士统治体制本身即可等同于军事动员体制，这套双轨体制完全是为了保持日本国内的安定、德川幕府之江山永固而精心设计的，其设计目的确实在二百余年江户盛世中得到了完美实现。1609年，得到幕府默许的萨摩岛津军队入侵琉球王国。1614-1615年的大阪冬、夏之役，德川家康将名存实亡却不肯主动退出历史舞台的丰臣家彻底毁灭，随即于1616年去世。1638年，幕府军队血腥镇压了由九州岛西部受到迫害的天主教徒发动的“天草、岛原之乱”，这成为日本战国军队的谢幕演出，从此以后的二百余年，日本举国“不闻兵事”，天下太平。
对外关系方面，德川幕府在大力禁止、镇压天主教之余，自然也断绝了与笃信天主教的西班牙、葡萄牙两国的外交关系。正逢此时伊比利亚国家在全球海
洋扩张的优势正急速衰落(以1588年英国战胜西班牙无敌舰队为起始)，“海上马车夫”荷兰共和国及英国正在崛起，因此幕府的政策可谓正逢其时。对于日本来说，最有利可图的外贸对象依然是近邻之中国、朝鲜。虽然幕府很快着手修复因丰臣秀吉入侵朝鲜而破裂的中日、中朝关系，但其尚未彻底确立的幕藩体制却因此存在一定的隐忧：西国大名毛利、岛津的地理位置，虽然想要起兵造反、推翻江户幕府是极为困难的，但于开展海外贸易方面却颇为有利。如果让西国大名利用贸易增强经济实力、进而整顿军备，将根本上破坏幕藩体制。
德川幕府的应对方法如下：1604年推进“朱印船”贸易的同时，便实行“丝割符制度”，从中国进口的最有价值商品—生丝，由幕府御用商人凭借许可证垄断采购。1609年，禁止大名拥有五百石以上大船。1616年，将外国商船的停泊地点限制于平户与长崎，后在长崎港人工填造“出岛”。1635年，全面禁止日本人航行海外以及海外日本人归国，终止朱印船贸易。1636年，经多年谈判，朝鲜派遣“通信使”前往日本，日朝两国复交，日本首次在对朝外交文书中使用“大君”一词指代幕府将军，标志“大君外交体制”确立。1638 年，“天草、岛原之乱”被镇压后，“锁国制”彻底构筑完成—尽管幕府自身并无锁国的自觉。“锁国”一词广为人知，要等到1801年长崎的兰学家志筑忠雄将荷兰人撰写的有关日本外交、外贸之文章翻译为日文，并为文章取标题为《锁国论》。
日本江户幕府时代的朱印船
1644年，明朝被李自成起义军推翻，而后者又迅速被入关的清军击败。满族入主中国使得日本举国上下大为紧张。德川幕府自然会回想起13世纪蒙古入主中原后，忽必烈两次举大军征讨日本虽遭“天佑神风”而失败，但其后果却是迫使镰仓幕府在沿海防御上投入了庞大的人力物力，有功武士又得不到满意的封赏，引发一连串社会危机，最终导致镰仓幕府垮台、南北朝数十年乱战。
德川幕府之所以一度积极与抱残守缺的南明政权进行接触，支持以郑芝龙、郑成功为首的福建水师与清政府相抗衡，是因为其深知幕藩体制、锁国制同样是不能应对大规模外敌入侵的。如上所述，主要部署于关东江户的6至7万名幕府直辖旗本、御家人，如果分摊于日本漫长的海岸线上防卫，则如同盐溶于水，直可无视。允许各国特别是西国大名发展自身武力实施防卫，则又彻底动摇幕藩体制“强本弱末”之政策基础。这一最为尖锐、根本没有方法可以化解的矛盾，却自动消解于无形：清朝吸取了元朝的教训，入主中国后勤修内政，无意东向征日。东亚进入长期和平安定的局面。