德川幕府建立后，首先加强和完善中央组织机构。在江户时代，身份等级有严格的规定，除公卿贵族外，人们被划分为士、农、工、商等级，次序不能颠倒。幕府还制定了武士戒规(《武家诸法度》)，以及规定天皇和公卿贵族、寺社权力和活动的法规(《禁中并公家诸法度》、《诸宗诸本山诸法度》)等。
幕府作为全国统一政权有着强大的权力，是集权的。从经济上说，幕府拥有绝对优势的经济力量，这是集权的基础，也是集权的表现。反映在：(1)掌握占全国总石高四分之一的耕地。德川时代总石高2800——3000万石，幕府领地占700万石。其中，300万石分与旗本、御家人，400万石由幕府直辖，称“天领”。“天领”皆富饶之地，分布于全国(68国中的47国)，尤其集中在关东(29%)、东海道(20%)和畿内(18%)。(2)直辖全国重要城市，如首都江户、传统的都城和手工业中心京都、全国市场大阪、对外贸易中心长崎、以及伏见、堺、奈良、博多等。(3)直营全国主要矿山，如佐渡、伊豆的金矿，主野、石见的银矿等。幕府垄断了货币发行权，设金座、银座进行管理。(4)控制和统一管理全国主要交通网。德川时代交通四通八达。陆路干线有五街道：东海道、中山道、日光道、甲州道、奥州道等，皆以江户日本桥为起点，通向各主要地点。沿途设有驿站，配备“传马”、“飞脚”。海路有沿日本海经太平洋的东回航路和经濑户内海的西回航路。交通要道上的所有关所，由幕府直接管理和控制，各藩不得私设关卡。(5)通过锁国，垄断对外贸易。总之，幕府控制了全国的经济命脉，拥有任何一个藩都无法匹敌的经济实力。
从政治上说，幕府将军既是全国最大的封建领主，又是全国最高的封建统治者，两者相互作用。作为全国最高统治者，即幕府政治上的集权，表现在：第一，将军政权得到天皇的承认，又完全独立于朝廷之外。天皇承认德川氏是武家栋梁，子孙世袭。每代将军继任由天皇发布“将军宣下”，承认将军为日本最高统治者，故幕府称“公仪”即政府之意。但是，除形式上的“将军宣下”外，幕府不受朝廷干涉，尤其是武家官职不列入朝廷官职表，完全独立。相反，朝廷包括天皇在内，要服从幕府颁布的《禁中并公家诸法度》。该法度第一条即规定：“天子诸艺能之事，第一御学问也。”这里的所谓“学问”是指精通朝廷仪式、政务等掌故而言。从镰仓幕府以来，天皇、公家不过问政治，仅在“学问”方面发挥补充作用，已成为一种传统。因此，这一条规定意思是说：“仔细了解如何当好天皇，以继承这一传统，是天皇的首要任务。”
第二，幕府掌握政治、军事以及外交大权。幕府有制定、颁布、施行法律，转封、减封、没收大名领地和监督各藩施政的权力。幕府有一支常备军，即旗本5200余人、御家人19300余人，合计22600余人，加上他们的陪臣，号称“旗本八万骑”。但战时主要依靠征发各藩的军役，动员的总兵力可达八万人。这支军队由将军任最高统帅。因此，从兵力来说，也是任何一个大名无法匹敌的。幕府对外代表国家，国书由将军签署，称“大君”、“日本国王”。幕府不仅独占外交大权，朝廷与大名不得过问，甚至有关外交的情报与消息，也由幕府垄断，秘而不宣。
第三，幕府建立了相应于全国最高统治者地位的庞大而严密的官僚机构，辅佐将军，统治全国。德川幕府的官制如下表：
这个官僚机构的特点是：两重性，既是全国统治机构，又是幕府直辖地的管理机构;政治与军事合一、行政与司法合一;集议制与轮流值班制;监视机关发达;谱代掌权，排除外样;将军专制，等。
总之，幕府控制了全国的经济命脉，掌握了全国的最高统治权，无论经济上还是政治上，都具有支配全国的权力，从这个意义上讲，幕府无疑是集权的。但从它与藩的关系看，又是分权的。