生于日本石川县河北郡的一个大地主家庭。小学毕业后，于1883年入金泽师范学校，1886年转入专门学校，第2年该校移交官办，改名为第四高等学校。西田在中学时即对当时的立宪运动抱有热情，阅读了民主思想家福泽谕吉的著作，1889年明治宪法颁布时与一干同学拍照留念。可惜后来作为维新元老的萨摩长州藩阀同盟阻碍了日本走上健全的宪政国家道路。1890年开始在所有学校重要活动上宣读的的《天皇教育敕令》(教育ニ関スル勅语)将对天皇、国家的忠诚等保守的儒家价值观设立为学生伦理准则，西田对此非常反感，与同学一起退学以示抗议，在家进行自学;以后由于父亲的事业破产，他丧失自学的条件，不得已于1891年转入东京帝国大学哲学科选修科。
毕业后，1895年回乡任中学教员，第2年转任第四高等学校讲师。不久,因家庭矛盾和学校纠纷，精神上的压力使他越来越远离政治，转向佛教并决心参禅，从1897年起过着以打坐为中心的孤独思索生活，1903年开始正式研究哲学。对费希特、黑格尔乃至当时德国影响最大的现象学均有了相当了解。1909年他到东京任学习院教授;第2年任京都帝国大学文学部副教授，1911年他出版《善的研究》，开始构建以后来提出的“绝对无”概念为核心的哲学体系，1913年担任京都大学宗教学讲座教授，并获得文学博士学位。转而升任哲学史第一讲席教席，与同事田边元、学生西谷启治一同创建了京都学派。1928年退休。
然而时局的变化使西田无法继续置身政治之外，当军国主义建立起专制政权时，作为日本哲学界泰斗，他已不可能摆脱现实政治的干扰。美浓部达吉事件后不久，教育部设立教育与学术复兴委员会，西田与同事田边元、和辻哲郎被要求参加。他和这个委员会的教育改革思想完全对立，对此只能消极应付。1936年二·二六事件让西田明确意识到军国主义将把日本引向灾难，但次年他在贵族学习院任教时的几位学生近卫文麿、木户幸一和木村毅擢升为政要后，不得不在后者的邀请下进一步卷入政治漩涡。这一年，日本全面侵华战争开始，西田和他的这几位学生尚且还对军方主导的扩张政策持批评态度，西田发表演讲，呼吁尊重世界上诸民族的多样性，在给木村毅的信中他写道：“我想我们必须思考处于世界中的日本，不仅仅是日本的日本，否则像‘大亚细亚主义’之类的东西将毫无意义……”1940年时任首相的近卫文麿提出大东亚共荣圈的主张，可以看到西田思想的影响。木村毅甚至安排老师与海军将领高木惣吉会见，希望他能影响军方开明派。但西田对于介入政治仍保持谨慎的态度，他小心地与当局的极端民族主义说辞保持距离，发表数篇文章试图批判地评论日本帝国主义和极端民族主义的重要文献《国体本义》。这些努力却又不见任何效果，尽管他拥有给天皇做新年演讲的殊荣。
相反，他的京都学派同仁们纷纷投身政界。和辻哲郎积极参加教育与学术复兴委员会的活动，参与撰写了臭名昭著的《国体本义》。三木清成为近卫文麿新秩序运动的智囊。尤其是京都学派的另一位奠基者田边元在教育与学术复兴委员会有着举足轻重的地位，他还鼓励学生献身帝国战争，发表了一系列军国主义的宣传文章，为日本的军事扩张政策提供了一套黑格尔式的哲学说辞。1940年西田私下对一位学生说：“田边这家伙完全是个法西斯!”
从近卫文麿受西田等知识精英的大亚细亚主义影响提出大东亚共荣圈的美丽说辞，到田边、西谷们主动建构共荣圈理论、为战争辩护，京都学派哲学家在急于成为黑格尔一样的时代精神代言者之路上越走越远。到了1943年，西田也更深地涉足政治活动。与此前一直与较为开明的海军高官保持联系不同，这一年他受到陆军邀请参加国家政策研究中心会议。怀着有可能影响东条英机政府的心态他在会上提交了《新世界秩序原理》一文，但文章很快以难以理解为由被退回。西田将文章交给田边，请他加以简化改写。田边改写后的文章被转交给东条英机及陆海军总长，西田则一直担心改写后的文章是否能向这些权力执掌者准确传达他关于日本精神不是囿于国粹、而是具有环球视野的理念。不过无论掌权者们是否理解了他的思想，东条英机于是年11月大东亚会议上的发言很快让他彻底失望。《新世界秩序原理》一文却让西田在战后背上与日本极端民族主义同流合污的罪名，尽管他已于1945年战争结束前去世。
然而无论是西田这位失败的政治异议分子，还是可能也怀有一个“和平崛起”的日本之梦的田边与其他京都学派成员，无论他们从理论上构建出多么完美的国家与世界图景，在政治强权和武装暴力面前他们毫无力量可言。西田本人虽然德高望重，从1944年起也因为“过于西化”的言论受到教育部思想审查机关的监视。三木清和日本战前最重要的马克思主义者户坂润这两位曾经的京都学派成员更是在战争结束前惨死狱中。京都学派哲学家们更无法无视的是军部专制在日本国内及国外犯下的种种罪恶。