井上是把哲学和佛教结合起来的有代表性的哲学家。他用西方近代唯心主义哲学改装佛教，形成一个所谓"纯正哲学"即"综合哲学"体系，企图把唯物主义和唯心主义纳入一种"中道"哲学体系之中。他强调佛教和自然科学是一致的。他接受了F.W.奥斯特瓦尔德的唯能论，提出了自己的"势力说"。他认为，世界的变化不是物质左右"势力"，而是"势力"左右物质。他自称是"唯能一元论"或"唯势力一元论"，并用"势力保存规律"即能量与守恒转化定律来说明灵魂不灭和轮回转世说的佛教原理。
他的所谓"综合哲学"的根本出发点是：既把"物界"看作存在，也把"心界"看作存在，从而把物、心两界作为起点，向绝对过渡。他在物和心之上加了个绝对的实在，认为物、心的实在是和绝对的实在不可分的，并且把"绝对"作为最高的本原，让它统一物质和精神。他还宣称物是人们感觉范围内生成的现象，攻击唯物主义，标榜他的哲学是"新唯心论"。
在井上看来，宇宙观的形成有两大途径:"表观"和"里观"。他认为，要认识宇宙真相，必须通过"表观"，从主观和客观两方面去观察，从客观方面观察，叫做"外观";从主观方面观察，称为"内观"。"表观"是观察由物、心相对的此岸到达"绝对一如"的彼岸方面，"里观"是观察由"绝对一如"的彼岸到达物、心相对的此岸方面。
"表观"就是"外观"和"内观"的综合，是客观和主观的统一，也是有限和无限、相对和绝对的统一。实际上。他所谓物、心相对的此岸，指的是精神(主观)，也就是"物即心";所谓由物、心相对的此岸到达"绝对一如"的彼岸，以及由"绝对一如"的彼岸到达物、心相对的此岸，都是精神的作用，它表明哲学上的主观、精神与佛教的宇宙本体"绝对一如"是相通的。有的学者认为，他的"综合哲学"是一种客观唯心主义;也有的哲学史家认为，他的唯心主义并不象西方的一些唯心主义那样纯粹。