持统天皇的即位仪式，具有划时代的意义。在称制3年后，持统天皇于持统四年(690年)元且正式即位。在即位仪式上，首先由中臣大岛诵读神寿辞(按：诸神对天皇的祝福辞)，然后由忌部色夫晋献镜和剑、持统天皇升坛即位，再后由群臣列队绕坛徐行并拍手礼拜。
诵读神寿辞和晋献镜和剑，史无前例其意已不是仅限于群臣对新主的拥戴，而是具有新天皇承袭了“太阳之子”的血脉、禀承先帝的遗愿的含义。而“拍手”则是所谓“柏手”，按广辞苑的解释“拜神之时，双手掌互击发出声音。”总之，将原来“大王”即位的各项仪式改为“神”即位的各项仪式的发端，始于持统天皇。持统三年(689年)6月，天皇向诸司颁赐令1部22卷，《飞鸟净御原(律)令》正式施行。
虽《飞鸟净御原(律)令》全文现已无存，难解其详，但其中户令考仕令等篇目，现仍有留存，可知在官员令中有持统四年(690年)7月任命太政大臣、右大臣，以及迁任“八省百僚”、“国司大宰”的记事;在衣服令中有同年4月和7月关于施行朝服的记事。自持统三年，以其户令为基础，在全国编定户籍，并于翌年(庚寅年)完成，故此户籍被称为“庚寅年籍”。以后所谓“六年一造”即六年审订一次为特色的律令户籍，即始于“庚寅年籍”。
另外在持统六年(692年)朝廷任命了機内班田大夫，施行班田。新都城藤原京虽则在天武十三年(684年)已经规划，但是正式建造完成则是在持统朝。据史料记载，持统天皇在即位当年(690年)遣高市皇子前往藤原官地视察，12月亲王行幸，在翌年班给诸臣宅地，并于持统八年(694年)正式迁都。藤原京和难波京是日本以中国的都城为蓝本建造的正式的都城。
原先人们认为，藤原京系模仿中国长安建造，但是20世纪70年代中，岸俊男经过考证后指出，藤原京不仅和北魏洛阳城及东魏邺都南城颇多相似之处，甚至近于《周礼》所记中国理想的都城形态。
持统十一年(697年)2月，持统天皇在藤原不比等的辅佐下力排众议，立其孙、草壁皇子之子轻皇子为太子，并于8月将皇位让与太子，使日本又一位天皇——文武天皇因此登基，并娶藤原不比等的女儿官子为妻，生下了首皇子(以后的圣武天皇)。持统虽然退位，但此后依然理政，与文武天皇“并坐治天下”。