自明治维新以后，日本主要是移植英国和法国的哲学，井上开始大量介绍德国的哲学。他把德国的古典唯心主义哲学与中国的儒学、印度的佛教等相结合，企图建立自己的唯心主义哲学体系。他的基本哲学思想是"现象即实在"论。他认为，实在和现象是相即的，即互相包含、融合的，现象和实在是同一存在的两方面，现象本身即是实在，现象和实在是不能分的，把两者加以区分是人的主观推断;正如客观世界具有现象和实在两方面一样，主观世界也具有现象和实在两方面;人只能认识现象而不能认识实在;世界的真相存在于超越现象与实在之差别境界。按照井上的观点，人可以通过内在的直观，间接地、近似地获得实在观念。井上的哲学是唯心主义的，有的哲学史家认为，他的唯心主义不象西方一些唯心主义那样纯粹。
在伦理思想上，井上提倡国家主义的国民道德论，宣传忠君爱国一致、忠孝一体。其具体体现在1891年的《敕语衍义序》中。他声称，君主比如心意，臣民比如四肢百骸，孝于父母，友于兄弟，归根结柢还是为了国家，自己的身体应该献给国家，为君父牺牲。
井上哲次郎的“现象即实在论”认为“虽然理论上分别思考现象与实在，但实际上是两者同体不离，二无一致的”。在认识与实在关系上他认为实在是不可认识的，而只能靠内部直观获得，并且无法检验和证明。关于主观、客观与实在的关系。他认为实在既不是主观也不是客观，但要把握实在还需从主观、客观出发。“实在是没有主观、客观的差别的……是把两方面合二为一的”，他把这叫“一如的实在”，也就是“终极的实在”、“世界的本体”。而这只能靠内部直观来把握，实际上是不可知的。
井上哲次郎也是留学欧洲经过欧洲近代思想熏陶的学者，但在他的内心，也潜藏着迎合旧儒学伦理复活的要求。井上哲次郎及其追随者，如宇野哲人等，在欧洲留学期间，都热衷于德国俾斯麦、斯坦因、盖乃斯德的国家集权主义学说。由他们所构成的早期中国哲学研究，在本质上与国家体制粘着在一起，这一学派的主要学者，大都聚集在东京帝国大学内，他们以东京帝国大学“支那哲学文学研究室”为中心，建立“东亚学术研究会”，发行刊物《汉学》，由此构成的学派，我们称之为“官学体制学派”。
于此同时，在民间还存在着一些和政府联系不是很紧密的学者，他们试图以西方的学术概念来解释和建立中国的哲学史研究，以松本文三郎、远藤隆吉为代表，称之为“私学体系学派”。