1657年8月6日，鲍·赫麦尔尼茨基病故。贵族出身的伊凡维霍夫斯基当选为乌克兰哥萨克统领(1657~1659)。他奉行亲波兰政策，废弃了佩列雅斯拉夫协定，以图脱离俄国。他的主张引起了哥萨克上层的分裂。站在维霍夫斯基一边的有总法官鲍格丹诺维奇一扎鲁德尼、佩列雅斯拉夫团团长巴维尔捷捷里亚等。反对维霍夫斯基的有波尔塔瓦团团长马尔丁·普什卡里和扎波罗热哥萨克统领雅科夫·巴拉巴什。1657年底，他们在扎波罗热和左岸乌克兰南部发动反维霍夫斯基的起义，乌克兰陷入了内战1658年夏，起义被镇压。
普什卡里在战斗中阵亡。巴拉巴什被俘后被处死。1658年6月，维霍夫斯基派捷捷里亚赴华沙同波兰政府谈判。9月16日，波乌双方代表在加佳奇签订了条约乌克兰以自治的“罗斯公国”名义加人波兰一立陶宛国家。加佳奇条约又引起一部分亲俄哥萨克上层和农民群众的反民对。在乌克兰再一次爆发了反对维霍夫斯基的起义。起义由农领袖伊凡·鲍贡和扎波罗热哥萨克统领伊凡·西尔科领导。
这时候，土耳其及其藩属克里木汗国虎视眈眈地准备人侵乌克兰。俄国政府眼看到嘴的肥肉有被波兰或土耳其、克里木汗国重新夺走的可能，于是派督军格里戈里·罗莫达诺夫斯基率军入侵乌克兰。俄军及其支持下的哥萨克车向波军和维霍夫斯基的哥萨克军发动了进攻，俄波战争重新爆发。11月，俄国同瑞典在纳尔瓦附近的瓦利耶萨里，签订了停战协定。随后俄军在白俄罗斯和立陶宛向波兰一立陶宛军队，发起了进攻1858年底，由古谢夫斯基指挥的波兰一立陶宛军队战败向涅曼河撒退。
在乌克兰，俄军在1659年4月包围了波兰军队部，但在6月间又被维霍夫斯基的哥萨克军和军队打败。维霍夫斯基乘机收复第聂伯左岸乌克兰。8月，俄军主力从基辅出发，大败维霍夫斯基军队。维霍大斯基逃往波兰。鲍·赫麦尔尼茨基的儿子尤里·赫麦尔尼茨基在佩列雅斯拉夫当选为乌克兰野萨克统领(169-163)他恢复了佩列雅斯拉大协定。但是俄国政府修改了《三月条例).取消了乌克兰的自治地位波兰人民经过5年的浴血抗战，在斯蒂凡·查尔涅茨基统帅的领导下，运用游击战和消耗战的战略战术，终于把瑞典侵略者赶出国土。1600年5月3日，波瑞两国代表在格但斯克附近的奥利瓦签订了和约，恢复了两国原先的边界。
奥利瓦和约使波兰得以全力以赴地反击俄军的进攻。1600年6月25日，波军在统帅斯蒂凡·查尔涅茨基指挥下在白俄罗斯的波隆卡打败俄军;10月8日，在恰乌瑟再败俄军俄军被迫退到波洛次克和莫吉廖夫。1661年，波兰国王杨，卡齐米日亲临前线督战。同年12月，波兰一立陶宛军队相继收复维尔诺和格罗德诺在乌克兰战场，波兰一鞑靼/">鞑靼联军在斯·波托茨基和耶，卢博米尔斯基的指挥下于1660年9月在楚德诺夫包围了由舍列麦捷夫指挥的俄军。11月3日，俄军由于弹尽粮绝被迫投降。波军还迫使尤·赫麦尔尼茨基宣布脱离俄国，效忠波兰国王杨·卡齐米日。这样，波军控制了右岸乌克兰。
波军企图夺取由俄军坚守的基辅，但始终未能成功。第聂伯河左岸的哥萨克不承认尤·赫麦尔尼茨基为统领，选举伊凡·勃柳霍维茨基为新的哥萨克统领。尤·赫麦尔尼茨基反复无常，时而亲俄，时而亲波，不久丧失了波兰的信任。1663年初，第聂伯河右岸乌克兰的哥萨克选举巴维尔·捷捷里亚为新的统领。马克兰由此分为两个部分。1663年底和164年初，波兰军队和捷捷里亚统率的哥萨克军在鞑粗军队的支援下，向左岸乌克兰进军。波兰国王杨·卡齐米日亲临乌克兰前线。
俄波战争第2阶段进入最激烈的状态。1663年11月，波军绕过俄军坚守的基辅、佩列雅斯拉夫和涅任等城市向东推进。次年1月和2月，波兰一哥萨克联军同罗莫达诺夫斯基和勃柳霍维茨基指挥的俄罗斯一哥萨克联军先后在格卢霍夫和北诺夫哥罗德展开激战。波军战败，退回右岸。伊凡·鲍贡在战斗中阵亡。1664-1665年，在右岸乌克兰爆发了一部分哥萨克和农民反对波兰和捷捷里亚的起义。捷捷里亚逃往波兰。彼得·多罗申科当选为右岸乌克兰的统领(1665-1676)。他继续效忠波兰国王并寻求土耳其和克里木汗国的保护。