起初的战争
1219年，蒙古与高丽联手灭了窜入高丽的契丹反叛军队，并与高丽签订“两国约为兄弟，万事子孙无忘今日”的友好条约。1225年，蒙古帝国要求高丽向其朝贡。高丽予以回绝，蒙古使节抵达义州边境时，被高丽朝廷所害，但当时成吉思汗征西夏，并未顾及此事 。1231年蒙古大汗窝阔台命撒礼塔率师攻高丽。蒙古打到了朝鲜半岛中部，洪福源率群众投降，高丽王弟怀安公王降。撒礼塔后在开城任命达鲁花赤等72人镇守，蒙古军暂时撤出高丽。
1232年，高丽王杀死开城驻守的达鲁花赤等72人，从松都(今开城)迁往江华岛，以防卫蒙古的再次入侵。得知此事后，蒙古立即第二次攻高丽。这次蒙古一直打到朝鲜半岛的南端。不过蒙古却无法攻占江华岛，在现在的光州附近败北。蒙古首领撒礼塔在龙仁中流矢亡(一说被一名高丽僧人暗杀)。蒙古副帅铁哥回师蒙古。后高丽王遣使节请罪，但并不肯臣服于蒙古并派兵攻陷已归附于蒙古的西京等处，劫夺了降将洪福源的家。
窝阔台汗四征高丽
成吉思汗去世后，托雷根据幼子掌管父业的蒙古传统习俗，监国摄政。1229年，拖雷召开忽里勒台大会，商议推举蒙古国大汗。按照蒙古习俗，幼子有优先继承父业的权利，因此，宗王大臣都打算推举拖雷作可汗。耶律楚材等人说服各蒙古宗王，坚持按成吉思汗的遗诏行事，拥立成吉思汗的第三了窝阔台继承蒙古汗位。拖雷为了避免可能发生的宫廷内讧，也支持窝阔台。八月二十四日，窝阔台大汗登基。
元太宗窝阔台即位后，进行了一系列改革，并出兵征伐，拓展疆土。以高丽杀使者为由，于1231年八月命撒礼塔率蒙古大军讨伐高丽。蒙古军入据高丽后，洪福源率民1500余户前来迎降，附近州郡亦有来降者。撒礼塔在洪福源的协同下先后攻取40余座城，连战连捷的蒙军直逼高丽王城。高丽高宗遣其弟怀安公王乞降。蒙古军队索取了巨额财物后退军。但仍在高丽的各京、府、县留下了72名达鲁花赤(镇守者)，对高丽进行间接控制。高丽国王逃至江华岛。
1232年六月，高丽王举反，杀死蒙古所置达鲁花赤72人。为避免蒙古的报复，高丽权臣崔怡决定迁都江华岛。于是，窝阔台决定第二次讨伐高丽。八月，再命撒礼塔率师征高丽，至王京南，攻其处仁城时，中流矢亡。副帅铁哥领蒙古军回师。原降服的高丽百姓归由洪福源统治。十月，高丽王遣其将军金宝鼎、郎中赵瑞章向窝阔台上书请罪。
1233年四月，窝阔台诏谕高丽王悔过，并指出他犯下的五大罪状。高丽王因占据江华岛，而蒙古无水兵，故不从命朝觐。反而又派兵攻陷已归附于蒙古的西京等处，劫夺了降将洪福源的家。为此，窝阔台决定第三次派兵讨伐高丽。
1235年，蒙古入侵庆尚道和全罗道。高丽民间的抵抗非常强。高丽王室也在江华岛修筑工事。虽然高丽几度战胜入侵者， 但还是无法抵挡蒙古大军(蒙军烧毁粮食企图逼降)。1238年，高丽高宗向蒙古请和。在高丽同意将高丽王室作蒙古人质后，蒙古撤军。不过高丽只送了一个与王室无关的人给蒙古人。蒙古大怒，要求高丽王室搬出江华岛到蒙古作人质并清除海上所有高丽舰船，交出反蒙古的官员。不过高丽只送去一个王子和10名贵族的孩子，拒绝了其它的要求。
因此，1240年蒙古又派兵攻克昌州、朔州等地。1241年高丽王以族子为己子入质，高丽又臣服于蒙古。
贵由汗至蒙哥汗四征高丽
自从1232年高丽迁都江华岛后，被激怒的蒙古大军先后遣军7次征伐高丽，给高丽百姓造成了深重的灾难。不少地方因畏惧蒙古军威，纷纷举城归附蒙古。高丽有不少大臣也对与蒙古对抗到底的政策提出了质疑。同时，
蒙古也在筹划另立高丽入质蒙古的质子为新君，而这一旦成为既成事实，高丽朝廷便面临边缘化的危险。
1246年(元定宗贵由汗元年)高丽又停止岁贡时，蒙古军队从1247年至1258年(元宪宗蒙哥汗八年)间，曾4次进攻高丽，迫使高丽王遣王子前来朝贡，并留蒙为质。
1247年，蒙古第五次入侵高丽，要求高丽王室搬出江华岛作蒙古人质。 1248年，蒙古大汗贵由汗死，蒙古撤军。
1251年，蒙古大汗蒙哥继位，蒙古再次要求高丽王室做人质。高丽回绝后，蒙古于1253年大规模入侵高丽。高宗最后同意搬出江华岛并将世子安庆公交给蒙古。 蒙古军随后撤退。
1258年，高丽众大臣发动政变，杀死了主张弃陆保岛的权臣崔氏，出陆向蒙古投降。1259年，蒙古与高丽达成和解协议，蒙军撤出高丽，高丽朝廷迁出江华岛移居陆地，并派王子入朝蒙古，两国战争状态结束。
忽必烈消灭高丽抵抗势力
元世祖忽必烈中统元年(1260年)春，高丽国王逝世，忽必烈派兵护送高丽王子归国即位，是为高丽元宗，同时宣布在高丽境内实行大赦，送还高丽俘虏及逃入辽东的民户，禁止蒙古边将侵扰高丽，以抚民心。元宗即位后一直采取亲元立场，引起大臣的不满。
忽必烈视高丽为元朝的属国和进攻日本的跳板。至元五年(1268年)夏，忽必烈责令高丽新国王在高丽制造可载4千石的海船1千艘，以备元军攻打日本或南宋之需。元朝对高丽的控制和榨取，使高丽朝野极为不满。至元六年(1269年)八月(阴历,下同)，林衍废其王。同年十月，忽必烈派头辇哥率大兵压境;封在京朝觐之高丽王世子为特进、上柱国，并派兵护送他回国平乱;同时派兵部侍郎里德(史书写为里德)一行出使高丽，限期高丽林衍等来京陈情，听候决断。在元朝三慑之下，高丽都统领崔坦、李延龄等以西京(今平壤)50余城归降。高丽元宗复其位，并亲自朝见忽必烈。
至元七年(1270年)正月，忽必烈将高丽西京改为为东宁府(后升东宁路)，划归元朝辽阳行省。同时派头辇哥率领军队护送高丽国王父子回国，委任脱脱朵儿、焦天翼为高丽达鲁花赤(督官)。同年春，元军兵临王京(今开城)城下。此时，林衍已死，其党三别抄军首领裴仲孙等拥立王室庶族承化侯王温，退守珍岛(今南金罗道)坚持抗元。
至元八年(1271年)五月，元将领忻都率兵攻占珍岛，王温等被杀。金通精退往耽罗(今济州岛)。至元十年(1273年)四月，忻都攻占耽罗，捉拿了金通精等人。元军占领济州岛，元朝遂设耽罗国诏讨司，屯兵驻守。国王投降蒙古汗国，高丽蒙古战争结束，高丽成为元朝的藩属国。 [5] 设置征东行省进行统治，并派遣蒙古“达鲁哈赤”(长官)负责行政事务，收取贡赋。