1928年至1937年，他主持了震惊世界的河南安阳殷墟发掘，使殷商文化由传说变为信史，并由此将中国的历史向前推移了数百年。直至今日，它依旧被视为人类文明史上最重大的发掘之一。 在中国现代学术史上，这是一个相当重要的名字———李济。
我们关于商代的知识很大程度上是由李济给我们划定的。他领导的安阳发掘，对20世纪整个下半世纪的中国考古学的发展起了决定性的影响———包括中国社科院考古所所长夏鼐、台湾中研院史语所所长高去寻在内的中国考古学界领袖人物，都是在安阳接受的考古学训练。
已故的考古人类学大家张光直以台湾中研院院士、美国国家科学院院士、哈佛大学教授的权威身份，曾对自己的导师李济做过评价：近60年的岁月里，一开始作为中国考古学之父，随后又作为中国考古学掌门人，他的学术思想一直在中国这门学问的发展中占据支配地位。 如果不将张光直所说的“中国学界”缩小为台湾学界，那么他的判断显然过于乐观了。李济在1948年年底随史语所迁台，这一选择很难以优劣论，但其所造成的尴尬局面却是显而易见的。
1959年，以《考古》杂志为代表的大陆考古学界对李济发起了猛烈的“围剿”。李济的儿子李光谟甚至还收藏了当年的一期《考古》，整整一期都在批判李济。此后，和许多政治上选择错误的著名学者一样，这个名字逐渐消逝在我们的阅读视野中。
不知道李济对于此种“围剿”的反应如何，但他曾对1949年后大陆的考古发掘报告提出过严厉的批评，认为其中缺乏实际材料，充满了政治术语，对出土地、器物、尺寸等内容居然都号称“保密”。
“我想，按照他一贯的标准，这些根本都够不上考古学。”李光谟感叹道。
直到后来西安半坡遗址的发掘报告出来以后，李济对大陆考古学的印象才有所改变，他自己的文章中也开始引用大陆学界的资料。
李济去世后，人们回忆：“他是一个被上级、同僚、晚辈、学生害怕的人，但他对待真心为学的人则给予最大的帮助。”其实岂止“害怕”，在一些人眼中，此人简直就是可恶。台湾名人李敖就曾写过文章，称李济为“最后一个迷人的学阀”。李济因固执而获罪为“学阀”，但饶是刻薄如李敖，也从不否认他身上“迷人” 的一面。 李济人生最辉煌的一页是在殷墟，此后，考古学家和他发掘的遗址天各一方，路途迢迢。身不能回大陆的李济，晚年心中是否牵挂殷墟?隔海相望殷墟，心中是怎样一番滋味? 这些问题，由于长期的两岸阻隔，甚至连李光谟也无法回答，但他说：“1977年，李济生前最后一本著作是《安阳》，可见殷墟在他心中的位置。”