东晋门阀制度是当时的政治经济发展到一定程度的产物，它的兴起源自曹丕设置的九品中正制，在九品中正制下，至高无上的皇权受制于世家大族，形成了与世家大族共治天下的局面。今天要讲的，便是门阀制度的兴起与由来。早在东周时期，周朝崩溃之后，其分封制也随之崩溃，但是宗法制却保留了下来，并且形成了中国基本的政治结构，在春秋战国的乱世中，虽然分封制已濒临崩溃，但是宗法制是没有国界的，它与当时的政治结合在一起，形成了一股牢不可分的力量，而世家大族无论发展的势力有多大，但其依托的根本还是宗法制。
早在西汉初期，虽然六国崩溃，秦国被灭，但是凭依着宗法制兴起的世家大族的势力逐渐扩大，在当地拥有许多土地，宗族对土地与劳动者的占有，使得经济进一步发展，他们占有的土地越多，也就意味着小农经济破产得越多，这终将会危及到自己的统治，因此西汉打击豪强，东汉实行度田制。
总体来说，两汉时期世家大族总是在皇权的控制下的，皇帝对于世家大族是打压兼用，使他们在朝中担任一些无关紧要的职务。世家大族对于皇权的统治也是支持拥立的，当然这只是在皇权强盛的时候，皇权式微，他们着力于匡扶社稷，然而一旦皇权完全衰弱，他们便欲取而代之，只是这种取而代之的愿望比较隐秘罢了。
东晋时期，门阀制度大盛，朝中中正官被世家大族所把控，以致出现了上品无寒门，下品无士族的现象，尤其以琅琊王氏、颖川庚氏、谯国桓氏、陈郡谢氏、太原王氏五族为核心，权力在上层不断变动。世家大族获得了政治上的优势，具备了与皇族平起平坐的权力，以至于出现“王与马，共天下”之言。
而世家大族除了政治上获得优势之外，还有经济上的支撑，这也是门阀制度形成的最重要根基。对于世家大族来说，土地和劳动力是保证他们富足生活的两个最重要的因素。土地是经过长期经营而来，在永嘉之乱中，虽然有许多世家大族跟随南渡，但也有许多在当地根基深厚的大族不愿南下，侨姓士族南下，不免与当地士族发生冲突，在皇权的支持下，他们快速发展自己的势力，各家士族都求田问舍，经营自己的产业，他们占据山川以及耕地，同时还需要更多的劳动力来为自己服务。
此时从北方南渡的流民就成为他们最好的选择。流民初下江南，根基未稳，同时又没有受到江左政权的太多泽被，因此不得不依附于世家大族，而这些流民因为胡人丧失家园，不得不南下迁徙，因此也常常被编入军队，成为抗击北方的一股力量。
当然，世家大族与东晋朝廷之间依然存在着矛盾，双方的斗争从未停止，朝廷既依赖于世家大族，同时又想要完全凌驾于世家大族之上，这构成了政治上的矛盾，而从经济上来说，世家大族占山掠泽，以此为凭依发展自身，并且暗夺了许多人口为自己服务，他们吞并土地，使得自耕农日益减少，而东晋朝廷所仰赖的便是自耕农的赋税，这又构成了经济上的矛盾。东晋时期，玄学大盛，以空虚为心的玄学为众多世家大族上层人物所青睐，形成了一股放浪形骸的风气，这与儒家的修身治国平天下的理想观念相矛盾，这是文化上的矛盾。在这三重矛盾下，皇权与世家大族之间冲突不断，东晋朝廷借由提拔寒族，打压士族逐渐夺回了皇权，后来又因为军权掌握在寒族手中，最终形成了动乱，打破了东晋的平衡局面，从此进入南北朝时期。