综观冯友兰解放后的学术活动，大体可分为三个阶段：
第一阶段：50—60年代。在自我批判的基础上，以马克思主义作指导，他开始撰写《中国哲学史新编》。冯友兰《三松堂自序》里回忆说：“当时正在提倡向苏联学习，我也向苏联的‘学术权威’学习，看他们是怎样研究西方哲学史的。我寻找一些马克思主义的词句，努力运用，写了《中国哲学史新编》，出版到第二册，十年浩劫就开始了，我的工作也停了。”在这一时期，整个学术界都被一种僵化、教条的学术空气所笼罩，哲学史研究由于其与政治过于紧密的关系更是如此。一部丰富多彩的哲学史被简化为唯物主义与唯心主义的斗争史，并被图式化地定为唯物主义战胜唯心主义的历史，冯友兰身处其时，亦颇受这种氛围的影响。
第二阶段：70年代，代表作为《论孔丘》。其时写了《对于孔子的批判和对于我过去的尊孔思想的自我批判》及《复古与反复古是两条路线的斗争》两篇文章在《北大学报》上发表。不久，《光明日报》《北京日报》即予全文转载，在社会上引起很大反响。1975年，他的《论孔丘》一书正式出版。书中观点与以前迥然不同。他在《三松堂自序》说：“我在当时的思想，真是毫无实事求是之意，而有哗众取宠之心，不是立其诚而是立其伪。”这既是冯氏个人的无奈，也是建国以来知识分子群体的一大悲剧。1972年，身处逆境中的冯友兰曾赋诗一首，其中有云：“若惊道术多迁变，请向兴亡事里寻。”对解放后事态纷纭和自己哲学思想之多变，颇多感叹!
第三阶段：80年代，随着“四人帮”的垮台，思想上的“拨乱反正”，尤其是中国共产党的十一届三中全会之后，冯友兰迎来了自己的学术春天。经过50—60年代的教训以及70年代的思想折腾，冯氏决意空所依傍，直陈己见，决意重写中国哲学史，以舒解胸中积压多年之郁闷。自1980年开始，冯友兰以耄耋之年，展老骥之志，手握如椽巨笔，重写《中国哲学史新编》，并明确申明只写“自己在现有马克思主义水平上所能见到的东西，直接写我自己在现有的马克思主义水平上对于中国哲学史和文化的理解和体会，不依傍别人。”从而真正把自己80年来对中国哲学及文化研究所得之理解、体会写出来，成为一家之言。经过十年的艰苦努力，终于在1989年完成了七卷本的《中国哲学史新编》，了却了一大心愿。