这个的得从曾国藩创建湘军说起。太平天国运动爆发后，清朝政府赖以生存的江南钱粮之地都被太平军搅的一塌糊涂。曾国藩奉命创建湘军部队，但是朝廷根本拿不出那么多钱来供养这支军费远超现役的八旗、绿营兵部队的民团武装。出不了钱只好出政策，允许曾国藩在南方以各种名目自筹资金。
于是曾国藩依靠在占领区向过往的本地商人课以重税的方式以及抢掠太平军占领区的钱粮来维持湘军庞大的资金运转。后来的李鸿章部淮军、左宗棠部楚军也都如法炮制，收复新疆的军事行动所需军费基本是靠商人胡雪岩通过借贷筹集而来。久而久之，内地各省均开始效仿，清朝统一的财政、人事制度逐渐被破坏。
清朝入关后，有一套比较完整的防备汉人夺权的军事体系。八旗在各地都有驻军，而各省的总督、巡抚和提督、总兵，相互之间又有牵制关系。这样一来，地方上的封疆大吏无法做强做大，军队的训练和调动，也能始终掌握在清廷的中央政府手里满人的手里。
清廷编练新军的目的何在?有人说是为了与国际接轨，提高军队战斗力。这恐怕只是一个层面，还有一个层面，就是借此机会加强中央集权!这是慈禧搞清末新政的重要策略，即“藉变法之名，以收集权之实”，后来的摄政王载沣只是继承、强化罢了。
一场持续14年的太平天国运动，彻底打破了清朝中央与地方的关系结构，让“内重外轻”、“满重汉轻”的格局整个颠倒过来，后来出现的东南互保就是最有力的证明。清廷就是要打造直属中央的新军，破除地方督抚盘踞一方的格局。
但是太平天国之后，八旗形容虚设，绿营也不堪一击，原先吆五喝六的满蒙贵族，对军队实际上已经完全丧失了掌控。只不过当时清廷仍然还有点余威，慈禧老太婆靠着他的政治手腕还能镇得住地方的汉人实权派。
首先，新军的来源决定了清政府管理的难度。所谓新军，就是完全采用西式的训练体系，装备的军队。实际上是与旧式的八旗、绿营兵相区别。新军规划在全国编练三十六镇，但是直到清朝灭亡，这个计划都没有完成，不过其中实力最强的北洋六镇倒是完成了编练。新军在招募兵员时，采用的是新式的募兵制，因为待遇和前途都好于八旗、绿营，因此报名参加新军的人甚多，这就给新军的录用提供了很大的挑选空间。最终被选为新军的一般都是文化水平比较高的一些人。
很简单，知识分子那么容易被控制吗?为什么满清能够控制湘军、淮军?因为湘军、淮军本质都是土农民，不学无术，识字的不多，只知道抢钱抢粮抢娘们，不难对付。但张之洞的自强军，也就是武昌起义的骨干力量，就完全不同。张之洞相对开明，强调唯才是举，对于有能力的军官一律招揽。这样一来，大量文化的知识分子，成为自强军的军官。这里面，颇有一些革命党人或者倾向于革命的军人。在庚子事变以后，稍有常识的新式知识分子，都明白满清朽木不可雕，不推翻它必然亡国灭种。