赤眉军，中国古代著名的农民起义军之一。
赤眉军于天凤5年(公元18年)在莒(今山东莒县)起事，首领为琅琊人樊崇，以泰山山区一带为根据地，与政府军对抗。几年之间发展到数万人，其中主要由农民组成，大多不识字，因此以口头传令为主。组织包括地位最高的三老、其次有从事、卒史等名称，大多延用汉朝乡官的名称。
随著赤眉军的发展，在地皇3年(22年)王莽派出其子王匡、廉丹率约十万军队进攻赤眉军，惨遭挫败，赤眉军发展到十万人以上，势力扩及青州、徐州、兖州、豫州各地。
23年，更始皇帝刘玄已即位并攻入长安，赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即再度开战，25年赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领，进攻关中，并拥立汉宗室刘盆子为帝，徐宣任丞相，樊崇因为识字，任御史大夫。同时更始军内部产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，杀死刘玄。
赤眉军入长安时，因常年的战乱已导致当地残破，赤眉军只能四处找寻粮食，随后被刘秀派将领冯异击败，遇大雪损失惨重，赤眉军遂决定离开关中，27年在崤底(今河南渑池县礼庄寨)再被冯异打败，樊崇投降，最后被杀。
樊崇，琅琊灵门人(今莒之北境)，出身贫寒家庭，是个朴实、勇敢的农民。他身高力大，见义勇为，好打抱不平，穷苦农民都很喜欢他，愿和他一起共事。
莒州本是有古老文化传统的地方，但也是统治阶级剥削压迫农民最残酷的地方，特别到了西汉末年，封建社会矛盾激化，不但被剥削阶级压迫得无法生活下去，连剥削阶级也不能维持他的统治了。王莽篡汉复古"改制″的失败，使严重的社会危机进一步加深。土地兼并的趋势继续发展，压在人民身上的徭役和赋税负担比以前更加沉重。同时统治阶级滥用刑罚，使百姓陷入水深火热之中。樊崇在家乡活不下去，就到莒州雇给人家扎活，想以此摆脱饥饿。但王莽新朝的官吏在莒州更加残酷地向农民勒粮逼税。扎活的樊崇为了活下去，就伙同一起的穷人和一些年轻力壮的农民，于公元18年(新莽天凤五年)，在莒州起义。这是继海曲(日照)吕母起义之后，又一次在莒州举起了义旗。
琅笽郡人樊崇起兵于莒，有众百余人，转战到太山，自号三老。这时青、徐二州闹大饥荒，盗贼蜂起，强盗们认为樊崇勇猛，都归附于他，一年之间扩大到万余人。樊崇同郡人逄安，东海郡人徐宣、谢禄杨音，也各起兵，合起来达数万人，都引兵归樊崇。一起回攻莒县，攻不下，转掠到姑幕县，因而击王莽探汤侯田况，大胜，杀万余人，于是北入青州，所过之地都进行虏掠。回到太山，驻扎南城县，起初，樊崇等因穷困而为盗寇，没有攻城略地的打算。后来队伍渐渐扩大，就互相约定:杀人者处死，伤人者偿创伤。以言辞为约束，没有文书、旌旗、编制、号令。其中职位最高的号为三老，其次为从事，再次为卒吏，一般的泛称为"巨人"。王莽遣平均公廉丹、太师王匡发动进攻。樊崇等准备迎战，但耽心自己部下与王莽兵混淆不清，于是令自己部下都把眉毛涂红以相识别，从此号称赤眉。
赤眉军纪律严明。史书上称"乃相与为约:杀人者死，伤人者偿创"。"其中最尊者号三老，次从事，次卒吏"，相互间称"巨人"。赤眉军以泰山作根据地，在青、徐二州间来回打击官府，抢粮救灾。各地均有富翁，存粮如山。周围百姓，因连年干旱和蝗虫灾害，草根树皮都吃不上，饥饿的人民四处流离，死者无数。樊崇看到面黄肌瘦的老百姓和沿途饿死的民众，伤心流泪，他下令起义军:所到之处打击贪官污吏，抢粮救灾。当地刺吏、郡守不能治，逃之夭夭。
公元21年(地皇二年)，王莽派大将景尚率领一队官兵来剿樊崇领导的起义大军。赤眉军和官军大战一年多，打了大胜仗，把景尚杀死。王莽大怒，又派遣太师王匡、更始将军廉丹率十万大军赶来镇压赤眉军。赤眉军作战勇敢，又深得百姓拥护，在成昌(今山东东平县)大战一场，樊崇一枪刺中了王匡的大腿，王匡慌忙夺路逃命，廉丹被赤眉军首领之一董宪杀死，官军溃败。经过这场大战，赤眉军更加壮大了，发展成十多万人的武装。
东汉政权建立以后，面临的大敌之一是赤眉军的建世政权。当刘秀派吴汉围攻洛阳时，赤眉军也已攻入更始政权的都城长安，更始帝刘玄出逃在外。
此时刘秀虽然据有河北，但在广大的东方和南方，农民起义军余部和地方割据势力仍为数众多，更始政权在这些地区也有很强的势力。和这些形形色色的武装力量相比，刘秀只不过才占据了巴掌大的一块地方，其实力也不足以与号称百万之众的赤眉军展开最后决战。基于这一情形，刘秀在赤眉军攻入长安的同时，没有立即同赤眉军发生大规模的正面冲突，而是立即发布诏书，封刘玄为 淮阳王 ，并声称 吏人敢有贼害者，罪同大逆 。这样，刘秀便将原来倾向于刘玄更始政权的地主豪强势力，争取到自己一边来了，也为赤眉军进入长安后制造了重重困难。果然，长安周围的地主武装都对赤眉军的建世政权采取不合作态度， 往往聚为营保，各坚守不下 ，甚至图谋劫出更始皇帝刘玄。另一方面，刘秀还派邓禹率领二万精兵尾随赤眉军入河东郡，伺机入关。刘秀在完成了这些工作之后，便集中主要力量用来在长安以东构筑防线。刘秀派吴汉等人率军扫平了河北地区檀乡、五校、青犊、富平、获索等农民军;同时，遣岑彭、景丹等人向洛阳以南的河南、荆州地区推进，更始政权任命的淮阳太守暴汜、宛王刘赐、邓王王常等纷纷投降，豫西地区的众多小股农民武装也先后被削平。这样，在赤眉军据有长安的一段时间内，刘秀已完成占领从河北地区经洛阳向南到河南、荆州地区以及豫西地区一线的重大战略部署，加上原来已派邓禹占领河东，不但堵住了赤眉军东归的道路，而且形成了对长安的大半个包围圈。
此时，赤眉军在长安城中并没有充分利用占领首都的优势，稳定秩序，继续扩大战果，而是贪恋京师，论功行赏不休。纪律也松弛下来，甚至发展到 烧宫室市里，宗庙园陵皆发掘 。由于赤眉军百万之众固守几经战乱的长安孤城，仅四个月后，建世政权便陷入了军粮严重匮乏的地步。为筹集粮草，赤眉军放弃长安，引兵向西，取道南山、鄠县，转向西北的安定、北地一带。在那里，赤眉军虽然打败了更始将军严春，终因天寒地冻，加之遇到陇西豪强隗嚣的阻击，战斗力大为削弱，只好返回长安。此时，三辅地区经过连年战乱，已是 城郭皆空，白骨蔽野 了。建武二年(公元26年)，只剩下二十余万人的赤眉军只好离开长安，出华阴，准备向东方转移。建武三年闰正月，赤眉军行至渑池崤底时，遭刘秀部将冯异伏击，被俘达八万人。
其余十余万人南下宜阳(河南洛宁)，陷入刘秀设下的包围圈中。饥寒交迫的赤眉军卒突遇伏兵，又逢大雨，措手不及，只好放下武器，向刘秀投降。
三月，刘秀军占领长安。