过程
西北爆发
这场“古今方书所无”的怪异瘟疫在这一年遍传北京城内外，患者会忽然在身体肢节间突生一个“小瘰”，接着“饮食不进，目眩作热”，还会呕吐出“如西瓜败肉”的东西。一人感染，全家都会传染，甚至有的“阖门皆殁”，全家死绝。亲戚更是不敢上门慰问吊唁，因为只要一进病家门口，必会感染，等到他回去时，又把瘟疫带回了自己家中，瘟疫死亡如此之巨，以至于帝都的九座城门“日出万棺”。但这还不是这场瘟疫最恐怖之处。死亡在一瞬间发生，甚至来不及诊断和治疗，这才是这种瘟疫最可怕的地方。
明万历年间，政府的赋役越来 越重。随之全国各地几乎连年遭灾。先秦晋，后河洛，继之齐、鲁、 吴越、荆楚、三辅，并出现全国性的大旱灾。万历、崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，大旱之年的比率也在增加。最后波及华北数省的大鼠疫终于在山西爆发。 万历八年(1580年)，"大同瘟疫 大作，十室九病，传染者接踵而亡，数 口之家，一染此疫，十有一二甚至阖 门不起者"。同年，在太原府(治今太 原)的太谷县、忻州、苛岚州及保德 州都有大疫的记载。次年，疫情传至 辽州(治今左权)，再传至潞安府(治 今长治)，疫情进一步扩大。
山西鼠疫也向周边省份传播。崇祯七八年间兴县人民因避疫而逃之一空，有可能将鼠疫传播到相邻的地区。从兴县过黄河，就是陕西的延安府和榆林府，崇祯九年至十六年，榆林府和延安府属县相继发生大疫，如崇祯十年“大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作”。
崇祯十七年(1644年)秋天，鼠疫南传至潞安府，“病者先于腋下股间生核，或吐淡血即死，不受药饵。虽亲友不敢问吊，有阖门死绝无人收葬者”。
迅速蔓延
崇祯十三年(1640年)，顺德府、河间府和大名府均有大疫，并且是烈性传染病的流行，“瘟疫传染，人死八九”。
崇祯十四年(1641年)，疫情进一步发展。在大名府，“春无雨，蝗蝻食麦尽，瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶”。死亡人口的比率相当高。广平、顺德、真定等府，类似的记载相当多。左懋第督催漕运，道中驰疏言：“臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。米石银二十四两，人死取以食。惟圣明垂念。”这时华北各省又疫疾大起，朝发夕死。“至一夜之内，百姓惊逃，城为之空”。
崇祯十四年(1641年)七月，疫疾从河北地区传染至北京，病名叫“疙瘩病”，“夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春间又有呕血者，或一家数人并死。”“疙瘩”是对腺鼠疫患者的淋巴结肿大的称呼。
崇祯十五年，天津开始爆发大鼠疫，有朝染夕死者，日每不下数百人。排门逐户，无一保全。崇祯16年，疫情还在进一步加剧，北京及其附近地区大疫。病者吐血如西瓜水立死。死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。
崇祯十六年(1643年)夏秋间发生的腺鼠疫至崇祯十七年(1644年)春天转化为肺鼠疫。崇祯十六年京师大瘟疫，疫情很严重，夏燮《明通鉴》记载：“京师大疫，死者无算。”染病死亡之多，无法计数。《崇祯实录》又记载：“京师大疫，死亡日以万计。”尽管缺乏准确的统计数据，但上述官方记载说明：当时的大瘟疫，势态极其严重，北京城死亡人数之多，竟达无人收尸的境地——“死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收殓者”。北京城中的人口死亡率大约为40%甚至更多。北京郊区的疫情也很严重。在通州，“崇祯十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋传染，有阖家丧亡竟无收敛者”。昌平州的记载中称为“疙疽病”，而且“见则死，至有灭门者”。河间府景县“崇祯十六年大疫，病者吐血如西瓜水立死。”
这场鼠疫，发生在北京城破前一年的二月到九月到崇祯十六年四月时，北京每天死人上万，以至于城门都被运出的棺材堵塞。沿街的小户居民，十之五六死去，死在门口的最多，街头连玩耍的孩子都没有了。有一个统计数字，这场大疫夺走20万北京人的性命，而北京城当时的人口，估计在80 万到100 万，也就是说，每四到五个北京人中，就死掉一人。“堪称是一场超级大瘟疫”，不但是士兵、小贩、雇工大批倒毙，北京城连叫花子都找不到了。
崇祯十六年(1643年)八月，天津爆发肺鼠疫：“上天降灾，瘟疫流行，自八月至今(九月十五日)，传染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下数百人，甚有全家全亡不留一人者，排门逐户，无一保全。”
崇祯十七年(1644年)，天津督理军务骆养性说，“昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。”
波及江南
江南在崇祯十三年(1640年)遭大水，崇祯十四年(1641年)有旱蝗并灾，崇祯十五年持续发生旱灾和流行大疫。地方社会处在了十分脆弱的状态，盗匪与流民并起，各地民变不断爆发。
结果
妥善治理
10月初的北京，一座恐怖的绝望之城，来了一个担任后补县佐虚职的福建人，他发现了鼠疫的治疗办法。他使用刺血法给病人治病，每天来看病排队的患者多达万人。到崇祯16年的冬季，大雪纷扬，北京的老鼠差不多死光了，人口也死的差不多了，导致人口密度大幅度下降，再加上这位福建人的治疗。北京的鼠疫病情逐步得到扭转。但彼时的北京城里，人鬼掺处，薄暮人屏不行。时人称因北京死人太多，鬼魂白天就在城中游荡，夜里更是群鬼夜号，处处鬼影。
自毁长城
崇祯17年4月，北京这座被鼠疫折磨了超过1年的帝国京城早已元气大伤。京军三大营的军队因为鼠疫死亡过多，正所谓“大疫军死者众”，而京军的2.7万匹战马，也只有1千匹可以骑乘，京军已彻底失去野战能力。北京内外城墙15.4万个垛口，只能由5万名羸弱士兵据守，这些大疫之下，侥幸存活下来的士兵们“衣装狼狈，等于乞儿”。士兵们全都身体虚弱的坐在地上休息，以致鞭子的抽打都不能让他们站起来。
4月16日，李自成的50万农民军开到北京城外，虽然在崇祯14年大疫以前，李自成曾经屡次被明军打的满中国的跑，但是现在已经今非昔比。双方经过了2天不算激烈的战斗，李自成的大军就攻陷了这座阴气森森的“鬼城”。冲入城里的李自成大军到处搜刮金银妇女。那位治疗鼠疫，拯救了北京全城市民生命的福建人也被李自成的士兵杀死。
43天后，八旗军联合吴三桂的关宁军大破主要由饥民组成的没有多少战斗力的李自成部队。一般传说李自成大军是在北京感染了鼠疫才失败的，其实不然。因为在李自成进入北京的时候，鼠疫已经得到了控制。其原因很简单，李自成的部队根本就打不过明军的关宁军，在鼠疫大爆发以前，关宁军就经常在关内杀得高迎祥，李自成等各路反军到处抱头鼠窜。所以山海关之战李自成大败，随后1万已经投降清朝的关宁军，又在永平，卢沟桥，保定，庆都，真定等地连续大破李自成。
明清易代
鼠疫的流行与旱灾、蝗灾及战乱的接踵而至，明王朝抵不住清兵南下，也就在情理之中。9月19日，清世祖福临，也就是顺治皇帝进入北京，清朝建立。令人惊奇的是，席卷肆虐全国的干旱和鼠疫鼠疫在清顺治元年后就消散得无影无踪。华北各地风调雨顺，社会经济开始复苏。
明末大鼠疫的发生，直接造成了明朝华北和江南人口锐减，税银和粮食收入锐减，军队非战斗损失巨大，人民体质虚弱。让仅有10万披甲的满清就征服了中国关内地区。
“东死鼠、西死鼠，人见死鼠如见虎”，一只来自山西北部荒凉山野的染病老鼠，如同穿越心脏的致命一剑杀死了庞大的明帝国，也彻底杀死了中国历史的进程。1910年10月接替了明帝国位置的清王朝的最后一个冬季，异常寒冷。就在这个冬天，一场百年不遇的大鼠疫袭击了东北。第2年，清朝灭亡。所以，我们不要亵渎那些萌萌的老鼠，也许这次亲密接触将改变未来的历史。