曾国藩攻陷天京后，太平天国运动宣告失败，至此朝廷在江南一带的心腹大患被彻底解除，然而在北方，一股强大的反叛势力正在崛起，且有愈演愈烈之势。为此，曾国藩在两江总督府屁股还没坐热，朝廷便派给他一个大活——北上剿捻。
说起捻军，不得不说他的“创始人”张乐行，张乐行是安徽涡阳县人，家中略有薄产，而且一向乐善好施，结交了一大批江湖豪杰，后来家财散尽做了盐贩子，聚集起了一批流民，逐渐与官府作对。后来势力一度扩张，形成了一支数万人的军队，官府称之为“捻匪”。
“捻”字在安徽淮北方言中称为一股子或一伙。其实，从骨子里来讲，张乐行所领导的捻军和太平军有着本质区别，他们起初的目的并不是明确要和官府对着干，也称不上是农民起义，说白了只不过是一伙拜把子后相互帮忙的盐贩子，只是后来做大了，才渐渐于官府正面对抗。
太平天国时期，捻军在淮河流域与清军作战。安庆失守后，淮南形势恶化，张乐行率部返回淮北，不久僧格林沁攻陷雉河集，张乐行被捕杀害。在史学界，张乐行率领的捻军称为“前期捻军”。
张乐行被杀后，他的侄子张宗禹、赖文光、任柱等人组织起了“后期捻军”，并易步为骑，进一步与太平军合作，对抗清军。在后来的战斗中，僧格林沁亲王被捻军斩杀，声势空前浩大。朝廷无奈只得令两江总督曾国藩迅速北上剿捻。
可是曾国藩也很郁闷，朝廷前不久才下令裁撤湘军，如今空有抱负，手头上却没有像样的军队。况且以前与太平军作战大多是在江南，以步兵水师为主，如今要去中原地区作战，捻军却是以骑兵为主，因此他向朝廷请调李鸿章的淮军，而且还得添练马队，但这些都不是短时间能办到的。
曾国藩接任后，一改僧格林沁“爆炒式”，改用了“温火炖砂锅”的剿捻方式。捻军打仗比太平军要灵活得多，张宗禹率领一路打至河南南阳，兵锋扫及湖北襄阳;赖文光、任柱另路闯至湖北麻城，以麻城为中心，取黄安，南至黄陂、黄州，西至孝感，威胁武汉。
曾国藩以重点设防为主要战术，山东、河南的乡绅一向比较喜欢僧格林沁那样的风格，认为曾国藩重点设防不足以制服捻军。但是曾国藩不顾舆论的反对，强行在鲁河、沙河沿岸构筑堤墙，但是这样一来，内线力量削弱，致使清军防不胜防，疲于奔命。
在曾国藩的军队中，有豫军、鲁军、皖军，还有僧格林沁遗部以及李鸿章的淮军。这些军队是由各省巡抚筹建而成的，地方色彩很浓厚，能在本省作战，不愿赴援临省。捻军动作迅速，行踪飘忽，一日之间往往跨越二省，各省省军只是驻守本省，往往被捻军各个击破。
曾国藩的主力是淮军，但是问题同样存在，淮军只知有李鸿章而不知有曾国藩，指挥调动处处受制。因此时间过了一年多，曾国藩剿捻不见有任何效果，朝廷急了几次下旨催促。
曾国藩的优点就是能够充分认识自己的不知，贵在有自知之明。他向朝廷上奏中这样说道：“臣不善骑马，未能身临前敌，亲自督阵。又行军过于迟钝，十余年来，但知结硬寨、打呆仗、从未用一奇谋、施以方略制敌于意计之外。此臣之所短也。”并上书朝廷，由李鸿章替代自己。
正如曾国藩自己所说的那样，他的优点在于打攻坚战、防守战，而不在打游击战。因此朝廷意识到问题的严重性，赶紧让曾国藩回任两江总督，剿捻则由李鸿章取代。
李鸿章一改曾国藩的“重点设防”战略，和左宗棠一起实行“就地围圈”策略，随着清军包围圈越来越小，捻军的给养出现问题，最后东、西两路捻军相继被歼，自此大功告成，而李鸿章和他的淮军时代正式来临。