完整剧情
以挑战石英联盟为目标持续在关都地区旅行的小智、小霞和小刚一行人来到马察市的神奇宝贝中心让皮卡丘休息，但却发现中心陷入大混乱。问乔伊小姐才知道传送系统出了问题，传进去的神奇宝贝都出不来。这时在一旁的传送系统的开发者秋叶原博士似乎发现了什么，急忙飞奔出门。好奇的小智等人随後跟进秋叶原博士的立体显像研究所。
秋叶原博士解释，原来是火箭队偷走了他的3D龙一号机(可穿梭现实与电脑系统中)，骇入神奇宝贝中心的传送系统偷走神奇宝贝。这时只要灌入扫毒程式把骇入的漏洞补好就可恢复正常，但火箭队会被当成病毒而被消灭……
既然是可爱又迷人的反派角色，小智一行人还是硬著头皮搭上备用的3D龙初号机前去救火箭队出来。
在电脑系统的世界里，一下子就发现火箭队用路障阻挡宝贝球传送的路线，好窃取神奇宝贝。火箭队发现小智们就叫阿柏怪和双弹瓦斯对抗，但却败在3D龙零号机的「换装」绝招之下。火箭队只好派出3D龙零号机作战。两只3D龙几乎不分胜负，最後还是由3D龙初号机略胜一筹获胜，火箭队也当场被打飞，小智等人赶紧将路障移开以达成疏通任务。这时秋叶原忽然发现不知情的乔伊已经叫程式设计师灌入扫毒程式了!这代表连小智等人都会被当成消灭的目标……
小智他们赶紧叫已著地的火箭队搭上3D龙零号机逃命。不久扫毒程式发射强力的灭毒火箭和光线炮，击中3D龙零号机与火箭队!火箭队被击落後掉进了程式漏洞里。被卡在洞里出不来的火箭队，眼看就要被消灭了，在千钧一发之际，小智等人赶到而把火箭队救上3D龙初号机。但因为过重而3D龙跑不快，扫毒程式在後面朝著小智等人发射强力飞弹!皮卡丘赶紧用电击对著飞弹迎击，让飞弹爆炸并发出强烈的闪光。
大家以为没了飞弹而正松一口气，但这时却还有两发飞弹朝著小智等人攻过来!在这瞬间小智等人及时从传送点抵达秋叶原博士的研究所，而尾随的飞弹闪避不及，把研究所炸成废墟。小智等人虽然被炸的乌漆抹黑，但总算是得救了。火箭队感谢救命之恩後就一溜烟的跑了，留下秋叶原博士伤心的看著已粉碎的心血。之後再度到神奇宝贝中心的小智就把皮卡丘托给乔伊照顾，一行人把电脑世界的冒险深藏在心。
其他
在互联网上还是能够找到这一集的，但是建议大家如果没有做好防护措施，还是不要观看的好。只要不盯着看，多眨眼就没事了。(注：互联网上的是修改后的版本)