密折制度是指清代特有的一种文书制度，也是一种特殊的政治制度。所谓密折，是指各级官吏上呈皇帝的秘密奏折，其内容涉及政治、经济、军事、文化等方面，这种奏折，皆由臣僚缄封直达御前，由皇帝亲自拆阅，旁人不得与闻。
清初官员对君主的报告,有题本和奏本两种。但是由于它们不仅繁复迟缓，而且容易泄露机密，看的人多了，自然不利于皇权的正常行使。因此为了适应中央集权君主专制政治的需要，出现了一种新的公文即奏折。
比起题本来，它不拘格式，书体自由，也没有贴黄、票拟等手续，而且不需要经通政司、内阁，直接由皇帝亲自拆阅，保密性强，因其折面、折内往往书有“密”等字样，故称为“密折”。
清代密折大约始于顺治时期。康熙帝时期只有宠臣才有权使用密折,至雍正朝时密折制度大盛得以推行和完善。密折的内容一般划分为请安、谢恩、缴批和陈事四类。其中陈事折非常繁杂，可分为天候、粮价、养廉、水利等数十类，上自军国重务，下至身边琐事，无所不包。由此可知，皇帝可以直接通过密折来了解官事民情。
密折制度的存在，一方面使得朝廷大大提高了行政效率，密折直接送达御前，减少不必要的中间环节，使奏折不必积压，因此可以及时的了解下情，快速解决问题。另一方面，广大臣下可以用密折言事，它可使群臣直言进谏，因为密折的内容是非公开的，只有皇帝和上奏折的大臣才知道，这项规定使得上密折的大臣们可以直言进谏，弹劾百官，而不必惧怕外人知道而遭遇不测。密折制度使得官员之间互相牵制，彼此监视。臣子之间的猜忌、监督，导致他们为了保住官位，只能选择对皇帝绝对忠心。
当然，密折奏事的权利并不是人人都能享有，也不是依据品阶高低而定，其中最必要的条件是被皇帝宠信，为了获取皇帝的信任，这一制度的实施更是恰到好处。给当时运转不灵、死气沉沉、日趋腐朽的官僚机构注入了一些活力，对加强中央集权统治有着十分重要的意义。
雍正仅在位十三年，但是他却能推行新政，在“康乾盛世”中发挥承上启下的重要作用，可以说，推广和加强密折制度是其中一项重要集权举措，这使得清朝的君主专制制度在这一时期达到了顶峰。