光绪入宫以后，由于慈禧吸取了对同治教育失败的教训，所以她对光绪的要求还是很严格的。当初，慈禧因为可怜同治的父亲死的早，对其娇生惯养、百般溺爱，最终的结果反而是害了他。慈禧为了光绪能早日成才，对其稍有违规便进行罚站、罚跪、不许吃饭，甚至关禁闭的处罚。
光绪自小在幽闭的紫禁城和慈禧的巨大阴影中逐渐长大。据他的老师翁同龢记载，光绪明显要比同龄的孩子矮小和瘦弱，而且说话还有点口吃，他胆子很小，一打雷就吓得直往老师怀里钻，一提到慈禧的名字就吓得瑟瑟发抖。童年的光绪，多数时间是在沉默和闷闷不乐中度过的，后来直到性格活泼的珍妃入宫，光绪的脸上才渐露了笑容。
1888年，18岁的光绪开始亲政。也从这时起，朝中的大臣逐渐分化成了帝、后两党。以翁同龢、珍妃的堂兄志锐和珍妃的老师文廷式为主要代表的所谓的帝党，成了光绪执政的主要力量。可是，帝党的影响力与号召力，与追随慈禧的大多数权臣组成的后党相比，还是有很大差距的。
1894年，中日甲午战争爆发。这是年轻的光绪皇帝执政以来，首次面对这样的重大危机。 帝党的成员们纷纷支持对日作战，血气方刚的光绪也跃跃欲试，他连发电谕责令掌管北洋水师的李鸿章积极备战。而此时身在颐和园里慈禧，却对这场战事漠不关心，她最关注的事情是自己的六十岁万寿庆典。
对于这场中日战争，慈禧的态度是尽量不要起事端，以免影响自己的生日庆典。掌管朝廷军事大权的几位重臣，如军机大臣孙毓汶和北洋大臣李鸿章等，由于比较了解中日双方军事实力的差距，也支持尽量避免冲突，应着重于国际调停和近海防守。最后，李鸿章终于禁不住光绪的再三严令催促，只得命令北洋舰队出击。其实，这种做法正中了日本人的下怀。
甲午战争的失败，对光绪的刺激很大。丧权辱国的《马关条约》签署后，他曾经捶胸顿足、失声痛哭。他认识到大清如果不再进行彻底的变革，就会难逃覆灭的命运。慈禧面对国家内忧外患的形势，苦于没有其它的治国良策，抱着试试看的态度，支持光绪进行变革。朝中的大臣们都意识到老路已经走不通了，也对变革持欢迎的态度。
这样，在全国上下基本达成共识后，1898年4月23日，随着光绪《明定国是诏》的颁布，一场轰轰烈烈的变革从此正式开始。在变法进行的103天中，终于得到权利释放的光绪，如雪片式地向全国发出了180道改革谕旨。然而，由于变法的内容触动了部分官员的利益，再加上有的改革措施也确实太激进、脱离现实，光绪的改革遭到了各地要员的强烈抵制。
变法维新，阻力重重。愤怒的光绪于是把变法不能进行下去的原因归咎于慈禧，认为是她在幕后率领着后党阻扰变法。同时，在颐和园的慈禧也在注视着光绪的一举一动，她可以允许光绪实施变法，但底线是不能使自己失去掌控国家大事的权力。
翁同龢是支持光绪变法的最重要人物，在朝中他也有着巨大的威望。因此，慈禧觉得他是对自己权利的一个威胁，于是，在变法开始的第四天，她就命令光绪将翁同龢逐出了京城。翁同龢离开后，为了弥补权利的真空，新晋进士康有为受到了光绪的信赖。与翁同龢相比，康有为无有任何成熟的从政经验，也不了解帝后之间的微妙关系。
康有为认为只有彻底清除慈禧的后党班底，才能使变法顺利进行。殊不知，他这种想法，彻底将光绪推向了慈禧的对立面。而慈禧此时的势力还是强大无比的，光绪与之相斗，只能是以卵击石。在慈禧还在观望的时候，光绪却已经按捺不住了，他听从了康有为要抓住军权，从而达到挟持慈禧目的的建议。
于是，光绪单独召见了工部右侍郎袁世凯。由于袁世凯掌握着军权，光绪的这个行为彻底挑战了慈禧的底线，她感到自己的安全受到了威胁。7月28日，光绪像往常一样去颐和园给慈禧问安，而慈禧却始终一言不发。慈禧的表现，使光绪感到了形势的危机。当夜，走投无路的他给康有为发出了求救的密诏。
康有为对光绪的信任感激涕零，他与谭嗣同商议后，决定把希望寄托于袁世凯。面对着谭嗣同带来的光绪的密诏，袁世凯一口答应将在天津阅兵时拘捕慈禧。袁世凯虽然表面上答应了谭嗣同，却在8月5日再次受到光绪召见后，于当日向他的上司荣禄告了密。深感失态严重的荣禄连夜给慈禧通报了消息。
8月6日清晨，怒气冲冲的慈禧从颐和园赶回了故宫。至此，历时103天的“戊戌变法”宣告失败。光绪从此被囚中南海瀛台，直至其10年后死亡;以谭嗣同为首的“戊戌六君子”慷慨就义，用自己的鲜血诠释了其救国救民的思想和抱负;志锐和文廷式被贬;早就感觉大事不妙的康有为，则远远的偷逃到国外躲藏了起来。