确实，中国古代的农民起义，领导者大都不是农民。
我们来看看历史上几次大型的农民起义：黄巾军起义领导者张角，他是太平道的创始人，是个教主，其实是读过书的。黄巢起义领导者黄巢，出生于盐商富贵家庭，多次参加科举考试不中，还能写诗，算是个富家子弟加知识分子。李自成是一名驿卒，洪秀全也是多次考试不中。就算是陈胜，从《史记》上对陈胜的描写来看，他应该也是读过书的，而且很有见识。
(黄巢起义)
那么，为什么这些起义，都被称为农民起义，道理在哪里呢?
第一，农民起义是一个历史阶段的称谓。
在不同的历史阶段，对农民起义的称呼其实是不一样的。比如对陈胜吴广起义，历史上的评价就很好，司马迁也把陈胜放进“世家”里，尊称他为“陈王”。而那些靠农民起义取得成功的，比如刘邦、朱元璋，历史上更是认为他们是天命所归，是该得天下的。另外那些没有取得成功的，比如李自成、黄巢、洪秀全等人的起义，则一律被称为“贼”“寇”“盗”等。
我们现在称之为农民起义，是因为当我们把中国古代划分成原始社会、奴隶社会、封建社会这样以后，封建社会里，两个对立的阶级，一个是地主阶级，一个是农民阶级。地主阶级一直居于统治地位(就算农民起义成功了，农民阶级也很快转化为地主阶级)，与之相对，要推翻其统治的，就是农民阶级的起义，也就是农民起义。
其实，这样做，也并不是简单粗暴。古代那么多次战争，有一些造反，比如安禄山造反、刘濞造反、赵匡胤造反、李渊造反等等，我们都没有把他们归入农民起义的行列，而是认为这是地主阶级之间的内部斗争。
(李渊起兵)
第二，农民起义的主体是农民。
农民起义虽然领导者可能不是农民，有其他的身份。但是，参加起义的主体却是农民。所谓农民，就是在封建土地所有制基础上，只有极少土地，甚至没有土地的那些人。而且他们在参加起义之前，主要从事农业生产。如果他们虽然本身是农民，但是当时他们的职业并不是(比如安禄山造反中，主体是军人;李嗣源造反中，主体也是军人)，那么，这种起义我们不会认定为农民起义。
并且，农民起义的领导者，尽管他读过书，尽管他还有其它身份，但作为农民的角色其实是不少的。比如洪秀全是耕读人家，家里的土地也不算多。张角、李自成这些，不管是驿卒，还是教主，不管是不是识字，其实还是农民身份。
(李自成起义)
第三，农民起义是正义和值得同情的一种运动
很多当下人对农民起义很有看法。比如，认为洪秀全的做法是邪教做法。认为如果李自成不起义，大明江山不会灭亡等等。
显然，这些当下人没有从当时的社会状况来考虑问题。
其实，所有农民起义，最早更多的是实在活不下去了的农民，揭竿而起。他们最早的诉求，无非就是有饭吃，有衣穿，没有想过要夺天下，当皇帝。至少，绝大多数农民是这样想的。也正是这个原因，历代农民起义，才会一下发展壮大起来。如果大家都是想要夺天下，怎么可能拿命去博取呢?
也正是因为农民起义是值得同情的，是有其正义感的，所以才会获得教科书的认可。
(参考资料：《中国通史》)