坊间有传说清朝皇后不居坤宁宫是为了避亡者的晦气，如崇祯皇帝的周皇后即在此自缢身亡。其实，清朝入关之后，已经有三位皇后曾居于坤宁宫，孝惠章皇后(科尔沁亲王吴克善孙女，顺治外甥女，顺治的第二任皇后)、孝诚仁皇后(索额图侄女，康熙的第一任皇后)、孝昭仁皇后(遏必隆之女，康熙的第二任皇后)。康熙的前两位皇后不但住在坤宁宫，也死在了坤宁宫，史书上说“薨”，另外有一位只当了不到半天的孝懿仁皇后，之前做皇贵妃时住在承乾宫，因为封后前已经缠绵病痛许久，恐怕也很难移宫了，所以只能说住过坤宁宫的可能性很小。
皇后真正不居坤宁宫，其实是从雍正朝开始，雍正自己由乾清宫迁养心殿，孝敬宪皇后乌拉那拉氏，也就是《甄嬛传》里的那位皇后，当然命运和电视剧里演的是不一样的，居于养心殿后寝宫东耳房体顺堂，明代称隆禧馆，雍正修葺后未命名，咸丰始名绥履殿，光绪初年才改名体顺堂，还有慈禧太后写的匾额。雍正之后的皇后们干脆在东西六宫定住处，这个“中宫娘娘”的名头略有些名不副实。如乾隆的原配孝贤纯皇后富察氏就住长春宫，二配皇后乌拉那拉氏，虽然后位没有被废，但是以皇贵妃之礼安葬，也就没有皇后的谥号，这位也是《还珠格格》里面那位皇后的原型，生前住养心殿旁的体顺堂，注意哦，不是电视剧里的坤宁宫。
此后，嘉庆的孝淑睿皇后住毓庆宫，道光的孝全成皇后、咸丰的孝贞显皇后(也就是我们熟悉的“慈安”，东太后)都住钟粹宫，就更不在坤宁宫居住了。不过请注意，严格来说，清朝皇后礼法规定的中宫位置，还是在坤宁宫，所以，皇帝与皇后大婚时的洞房还必须设在坤宁宫，夫妻共居三日之后，才迁居寝殿生活，这个地方是在坤宁宫东首间和东次间，即所谓东暖阁。这一点，和明朝又有很大不同，明朝皇帝的大婚洞房是在皇帝的寝宫，即乾清宫。不过由于清朝皇帝多为成年后登基，因此，有清一代，真拿坤宁宫当过洞房的，也只有康熙、同治、光绪三位皇帝。
另一位少年天子顺治，即位十三年间都住在位育宫(即今故宫保和殿)，他的两次大婚都没能在坤宁宫举行，直到顺治十三年坤宁宫修葺完毕，他的第二任皇后博尔济吉特氏，才得以搬入坤宁宫。而顺治皇帝本人，在顺治十二年之后就长居南苑行宫，就离得更远了。为什么康熙之后，清朝的皇后不再按照之前的旧制居于坤宁宫?原因恐怕并非其中“死过人”这么简单，而是清代政治特色导致的结果。
康熙皇帝的孝昭仁皇后去世后，坤宁宫已经空置了30多年，而这位老皇帝不但在孝懿仁皇后(那位半天皇后)去世后不再立后，自康熙二十三年，改建畅春园之后，更大部分时间驻跸于此园，晚年更是只有重大典礼仪式才回紫禁城，直到康熙六十一年十一月十三日，康熙皇帝驾崩于畅春园清溪书屋。
此后，雍正皇帝再未在畅春园住宿，将其改为祭祀、追思亡父的场所，而自己新建了圆明园，并逐步扩建，成为日常起居办公之处，自此形成了清朝独特的“宫苑体制”。
据圆明园专家张恩荫统计，从1707年到1860年，圆明园存在了153年，雍正、乾隆、嘉庆、道光、咸丰五代皇帝每年的园居时间远远超过了紫禁城的“宫居”时间。其中雍正、道光、咸丰每年园居200天以上，道光皇帝园居时间最短的一次是201天，最长一次达354天。
乾隆每年的园居时间大致四个多月，比他宫居的110多天略长，其余时间，这位皇帝或北上避暑或下江南。每年园居时间最短的皇帝是嘉庆，与其父乾隆大致相仿。在此背景下，后宫自然追随皇帝活动，乾隆的原配孝贤纯皇后富察氏甚至死在了随同南巡的路上，因此，除了“大婚”这种浓重礼仪味道的活动不得不依照“祖制”在坤宁宫举行，其余时间皇后的起居完全没有必要被限制在逼仄的坤宁宫东暖阁内，更何况隔壁就是五味齐全的屠宰场。