1895年4月，日本逼签《马关条约》，康有为、梁启超等发动北京应试的1300多名举人联名上书光绪皇帝，痛陈民族危亡的严峻形势，提出拒和、迁都、练兵、变法的主张，史称“公车上书”。但上书因顽固派的阻挠而没有送到光绪帝的手中。
1897年冬，德国出兵强占胶州湾。康有为上书说如再不变法，将国亡民危，皇帝做老百姓都做不成了。
1898年，经历甲午海战惨败之后，面对列强要瓜分中华的危境，不甘心当亡国之君的光绪帝倚重刚进入官场的康有为、梁启超和谭嗣同等一干书生，进行一场强国变法。
6月 11日，27岁的光绪皇帝征得慈禧太后同意，正式颁发《定国是诏》，维新变法启动。随后，光绪帝颁布了一系列废除八股、整顿军队、发展农商工业、建学校、开议院等改革举措，维新派和各级开明人士积极支持，举国沸腾。
此时的中国，列强环视危机四伏，清庭上下包括慈禧大多同意改革，但慈禧能接受的是温和的改良措施。
变法的“百日维新”期间，新旧利益集团斗争异常尖锐，例如废八股疏上，保守的慈禧太后后党即多方阻挠，特别是，对八旗、绿营(后改为巡防营)等军队的改革也触犯了旧军方利益。
一次礼部主事、维新派人士王照上疏建议光绪帝和慈禧太后游历日本诸国，以考察各国情况，从而开拓眼界。但礼部尚书怀塔布、许应骙不赞同，阻挠王照上疏。光绪得知后勃然大怒，因为按照新政的改革措施，部院大臣是不能阻挠各级官吏上书的，他认为这是守旧大臣公开挑战新政。光绪帝在9月4日下令将怀塔布、许应骙、堃岫、徐会沣、溥颋、曾广汉等阻挠变法的六堂官全部罢免。史称“礼部六堂官事件”。
怀塔布妻子与西太后慈禧有亲戚关系，哭诉后，慈禧认为光绪处罚过重。慈禧还没来得及有所行动，光绪便在第二天擢升杨锐、刘光第、林旭、谭嗣同四人为四品卿衔，在军机章京行走。
9月13日，光绪帝根据康有为的建议，准备开懋勤殿以代替军机处，并召李端棻、徐致靖、宋伯鲁、梁启超等8人共议新政。此举遭致慈禧严厉反对。
变法开始后，守旧派即有人上书慈禧太后，要求杀了康有为、梁启超;奕劻、李莲英跪请太后“垂帘听政”;御史杨崇伊多次到天津与荣禄密谋;甚至宫廷内外传言将废除光绪。
面对压力，光绪帝于14日写了一份密诏给杨锐，让其与忠于自己的大臣商议对策。这份诏书的内容是：
近来仰窥皇太后圣意，不愿将法尽变，并不欲将此辈荒谬昏庸之大臣罢黜，而用通达英勇之人令其议政，以为恐失人心。虽经朕屡次降旨整饬，而并且随时有几谏之事，但圣意坚定，终恐无济于事。即如十九日之朱谕，皇太后已以为过重，故不得不徐图之，此近来之实在为难之情形也。朕岂不知中国积弱不振，至于阽危，皆由此辈所误;但必欲朕一旦痛切降旨，将旧法尽变，而尽黜此辈昏庸之人，则朕之权力实有未足。果使如此，则朕位不保，何况其他?今朕问汝：可有何良策，俾旧法可以全变，将老谬昏庸之大臣尽行罢黜，而登进通达英勇之人，令其议政，使中国转危为安，化弱为强，而又不致有拂圣意?尔其与林旭、刘光第、谭嗣同及诸同志妥速筹商，密缮封奏，由军机大臣代递，侯朕熟思，再行办理。朕实不胜十分焦急翘盼之至，特谕。
9月17日，光绪皇帝再次发出密诏给康有为，内容如下：
“工部主事康有为前命其督办官报局，此时闻尚未出京，实堪诧异。朕深念时艰，思得通达时务之人，与商治法，康有为素日将求，是以召见一次，令其督办官报，试以报馆为开民智之本，职任不为不重，现筹有的款，着康有为迅速前往上海，毋得迁延观望。”
命康有为迅速离开京城、前往上海，想以此平息事件。
但康有为看过杨锐密诏后，以篡改的密诏给梁启超谭嗣同等看，众人大哭，康有为决定让谭嗣同连夜劝说袁世凯，让他起兵勤王，并前往颐和园逼迫慈禧彻底交权。
康有为跟日本关系密切，戊戌变法期间，力邀日本前首相伊藤博文(策划中日甲午战争的主要人物)当光绪顾问，甚至付以事权。并欲联合中国、日本、美国及英国为合邦。19日晚，在各保守势力的簇拥和拥戴下，慈禧突然从颐和园返回大内，9月20获知此事，惊觉事态严重，极为不满。
9月20日，袁世凯告密，当天深夜慈禧接到荣禄密报，说光绪帝欲软禁太后。21日凌晨，慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城，直入光绪皇帝寝宫，将光绪皇帝囚禁于中南海瀛台，戊戌变法流产。
9月28日，谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第、康广仁、杨深秀六人惨遭杀害;康有为、梁启超等人则逃亡日本。后康有为从日本流亡到美国、欧洲，以保皇说法向华人华侨募捐。
1909年宣统改元后，杨锐的儿子将密诏原件上交都察院执掌京畿的章炳麟，他将密诏原件转呈光绪帝的弟弟摄政王载沣，康有为篡改密诏为世人所知。
戊戌变法在这103天内，光绪帝让那几个书生起草并自己审定发出的变法诏令110道，包括了政治、经济、军事、文教等各方面的根本性变革。但大多数这些政令并没有得到实施。
戊戌变法轰轰烈烈，如果光绪帝不用康有也许会不一样，或者康有为不找袁世凯勤王光绪帝有可能不会被害死。书生治国，以为复制欧美日本的模式就会成功。也说明了数千年的封建王朝非一般力量能撼动的，流血无法避免。