按照司马迁的说法，嬴政的生父乃是吕不韦，因赵姬在被赠与子楚时，便已经怀有吕不韦的骨肉，而这个孩子便是嬴政。当然，此事早已难以考证。不过，嬴政即位后，年轻的太后似乎还与吕不韦有着不清不楚的关系：
始皇帝益壮，太后淫不止。吕不韦恐觉祸及己……乃进嫪毐，诈令人以腐罪告之。不韦又阴谓太后曰：“可事诈腐，则得给事中。”太后乃阴厚赐主腐者吏，诈论之，拔其须眉为宦者，遂得侍太后。太后私与通，绝爱之。——司马迁：《史记》
当时，秦王嬴政年龄越来越大，开始掌握朝政，而年轻的太后私生活却比较混乱。吕不韦觉得不能太过张扬，于是便想了个主意，往后宫送了个假太监。这个太监的重用任务，便是侍奉太后，为吕不韦解围。
按照《史记》的说法，嬴政母亲宠幸嫪毐，原本就是相国吕不韦一手策划的。吕不韦之所以这么做，则是因为“吕不韦恐觉祸及己”。说白了，吕不韦已经开始害怕了，并且预见到再与秦王生母纠缠不清，将很可能引火烧身。
不过，令吕不韦没有想到的是，嫪毐依靠太后的恩宠，在秦国迅速扩张了势力，甚至被封为长信侯。不仅如此，在嫪毐与太后私生两子后，他们甚至还打算发动政变，谋杀嬴政后再立傀儡秦王，以独断朝纲。
当然，嫪毐的阴霾并未得逞，最终秦王嬴政获胜，他命人摔死了自己那两个同母异父的弟弟，又灭了嫪毐三族，同时将自己的生母也软禁起来。不过，事情到这里，还并未结束，接下来遭殃的，自然是吕不韦。
吕不韦的那些如意算盘以及后宫那些污秽之事，其实早已被秦王嬴政熟知于心。只不过，嬴政碍于颜面，又不愿因此事大动干戈，才一忍再忍。结果，嫪毐造反不成，却彻底惹怒了嬴政，吕不韦也遭到贬黜，远离了权力核心。不久，秦始皇又命人给吕不韦带去了一封言辞激烈的书信：
君何功于秦?秦封君河南，食十万户。君何亲于秦?号称仲父。其与家属徙处蜀!——《史记·吕不韦传》
在这封信中，嬴政将吕不韦的功绩一概否决，并命他与家人一并贬谪到蜀地。结果，吕不韦见此信后，深知嬴政不会轻饶自己，于是便服毒自杀了。
尽管秦始皇是否为吕不韦的骨肉，目前还是众说纷纭。但可以肯定的一点是，在嬴政掌权时，秦国后宫确实比较混乱，以至于太后与假太监嫪毐私通产子。当然，这件事情的始作俑者，相国吕不韦也未能逃脱制裁，最终服毒自尽。