于谦被处死的罪名是“谋逆”，具体而言有两个方面。其一，于谦与其他人“构邪议，更立东宫”，就是说他参与了废黜朱见深，改立朱见济的行动。其二，于谦“与太监王诚、舒良、张永、王勤谋迎立襄王子”。那么，于谦在这两件事中到底扮演着什么样的角色呢?
首先，改立太子这件事和于谦没什么关系，这件事主要是通过内阁进行的。于谦虽然是兵部尚书，但他的工作主要是训练军队、组建团营。其次，在景泰帝病重时，于谦并没有打算迎立襄王的儿子，而是与大臣们“疏请立东宫，盖谓复宪宗也”。结果，在早朝前夕，爆发了“夺门之变”。
于谦、王文等人被捕下狱后，在接受审讯时，王文不服，理直气壮地说道：“召亲王须用金牌信符，遣人必有马牌，内府兵部可验也。”于谦说道：“辨生耶?无庸。彼不论事有无，直死我耳!”据记载，于谦被杀前，明英宗还有些不忍心，“于谦曾有功。”徐有贞说道：“不杀于谦，今日之事无名。”
按照这种说法，明英宗知道于谦是冤枉的，只不过在徐有贞、石亨、曹吉祥等人的压力下，才将于谦处死的。可是到了天顺五年，徐有贞、石亨、曹吉祥全部倒台，明英宗依然没有为于谦平反。直到明英宗死后，他的儿子明宪宗才恢复于谦的官职，“赠特进光禄大夫、柱国、太傅，谥肃愍，赐祠于其墓曰旌功”。
既然明英宗知道于谦是冤枉的，却为何至死不肯为他平反昭雪呢?其实事情并没有那么简单。于谦之死和明朝的皇位斗争有着直接的关系，于谦不经意间卷入明英宗、景泰帝之间，成为皇权的牺牲品。土木堡之变后，明英宗被俘，面对危局，于谦拥戴朱祁钰即位，即景泰帝。
可是后来，瓦剌释放了明英宗，朱祁镇回到北京后，被尊为太上皇，实际上则被软禁起来。景泰帝时刻提防明英宗，担心兄长会复辟，导致兄弟之间的感情荡然无存。景泰帝还废黜了侄子朱见深，改立儿子朱见济。于谦当年支持景泰帝即位，完全是出于公心，并没有邀功请赏的意思。
可是，明英宗不这么看，他认为于谦是景泰帝的人，所以他上台后，必然会采取报复行动。比如天顺年间，边关传来警报，明英宗很担心，这时候恭顺侯吴瑾说道：“使于谦在，当不令寇至此。”明英宗听完这话，默然不语。明英宗知道于谦是好官、清官，但他仍然不肯为于谦平反。