巫蛊之祸非常复杂，但它起源于汉武帝与卫子夫的恩怨。众所周知，卫子夫原是个灰姑娘，后得汉武帝的宠幸，成为皇后。但最美的容颜，也经不住岁月的刻画，年老色衰的卫子夫失宠也很正常。卫子夫难免会产生嫉妒的心理，会对汉武帝有所抱怨。
另外，巫蛊之祸还有汉武帝刘彻与太子刘据的纷争。刘据“性仁恕温谨，上嫌其材能少，不类己”，加上汉武帝宠爱李夫人，因此“皇后、太子宠浸衰，常有不自安之意”。太子一旦被废，损失最惨重的莫过于卫氏外戚集团，但同时，汉武帝也看到卫氏外戚集团，对汉朝的威胁。
综上我们可以说，汉武帝发动巫蛊之祸，其实有一个非常重要的目的，就是为彻底翦除卫氏外戚集团，换言之卫子夫不死，卫氏集团就有专权的可能，威胁刘氏江山。原因有以下几点：
其一，外戚专权，前车之鉴
西汉自建立开始，太后、外戚的势力一直非常强大，几度危险皇权。比如汉初的吕后一度称制，将吕氏子弟封为诸侯王，对刘氏天下构成威胁。汉武帝即位初年，朝政依然在窦太后的控制之下，窦氏外戚，以及田氏外戚，都对朝政进行直接干预，对此汉武帝也无可奈何，只能等祖母窦太后归天，才正式亲政。
其二，卫氏一门，功高震主
汉武帝明白，一旦自己死后，西汉王朝将迎来一个更强大的外戚集团。卫子夫虽出身寒微，但兄弟卫青为大将军，霍去病为骠骑将军，俩人战功卓著，部下大将如云，在军队中有强的影响力。虽然卫青、霍去病已死，但卫氏外戚的势力依然很强大，童谣云“卫子夫霸天下”。由此前车之鉴，汉武帝能对卫氏放心吗?
其三，步步杀招，针锋相对
既然说巫蛊之祸是冲着卫氏外戚来的，有何证据?下面就归纳一下，在巫蛊之祸中的一些标志性事件。首先，引发巫蛊之祸的是丞相公孙贺。公孙贺的儿子因罪下狱，公孙贺提出自己亲自缉拿大盗朱安世来为子赎罪，汉武帝同意。但朱安世被捕后，揭发公孙贺之子与阳石公主私通，还弄巫蛊，诅咒皇帝。
汉武帝没有详细调查，就把公孙贺父子下狱，处死并灭族。这个公孙贺却与卫家关系非同一般莫逆，公孙贺的妻子正是卫子夫的大姐卫君孺，另外公孙贺发迹得益于卫氏。同时，汉武帝与卫子夫的两个女儿，“诸邑公主、阳石公主皆坐巫蛊死”，此外卫青的长子卫伉也被处斩。
经过巫蛊之祸的第一阶段，卫氏家族的实力遭到严重打击，卫子夫、刘据的地位也岌岌可危，再加上江充等人的陷害，等待这对母子的要么是束手就擒，要么是拼死一搏。于是太子刘据在万不得已的情况之下，起兵诛杀江充。汉武帝不明情况，派兵镇压，父子之间视同仇敌。事后卫子夫被赐死，刘据被迫自杀，同时卫氏外戚的势力也被一扫而尽。
身为丈夫、父亲，汉武帝是冷酷无情的，但作为皇帝，他必须残忍，宁可错杀，不能不杀，这样才能保住江山。后来汉武帝又将钩弋夫人处死，也是出于这个目的。当然最悲剧的还是刘据，他沦为政治牺牲品。不过汉武帝担心的事情还是发生了，大汉的江山最终还是被外戚篡夺。