朱元璋为什么要定都南京呢?这还得说说他的发家史。
众所周知朱元璋是农民出身，因为灾荒还当了几年和尚，最后被发小汤和邀请去了红巾军，在郭子兴手下当小兵。
朱元璋因能力出众，取得了郭子兴的信任，娶了郭子兴的养女马氏。尽管郭子兴及其家人对朱元璋有所猜忌，但朱元璋在军队中的威望很高，郭子兴死后，他有了一定的本钱。
朱元璋带着自己的本钱窝在和州，很快就感到了局限，和州太小了，连物资供应都成问题，待在那里不会有大的发展，他需要找一个新的根据地。
和州虽小，离南京(那时候叫集庆路)却很近，南京龙盘虎踞，面前又有一条长江，更关键的是，南京很富啊，地处江南，粮食高产区兼商业中心，还有运河之便，对朱元璋有无穷的吸引力。
至正十六年(1356年)三月，朱元璋攻下南京，将其改名为应天府。至此，穷小子朱元璋终于有了自己的大城市，开始真正的事业。
占据南京后，朱元璋东有元军，东南有张士诚，南有元军，北有龙凤政权，西有徐寿辉(陈友谅的“老大”)，这些邻居都比朱元璋强，朱元璋顺势装傻，任由他们打来打去，自己躲在南京猥琐发育，建立以南京为中心的根据地。
当然，邻居们也有聪明的，陈友谅和张士诚这两位都看得出朱元璋的威胁，老早就开始跟朱元璋掐架。
三方从开始的小打小闹到最后的拼死决战，朱元璋用了十年的时间，先灭陈友谅，再灭张士诚，接着又灭方国珍，统一了江南。
实力增强带来的好处是独立性日益升高，鄱阳湖大战消灭陈友谅主力后，朱元璋称吴王，但仍奉行龙凤年号。至正二十六年(1366年)大举进攻张士诚时，朱元胜券在握，派人去接小明王韩林儿到应天南京，结果船沉了，皇帝没了，朱元璋于是不再奉行龙凤年号，改次年(1367年)为吴元年。
独立的吴王国已经建立，虽然朱元璋没有确立都城，但毫无疑问，南京就是吴王国的核心。
洪武元年正月，朱元璋称帝，定国号为明，改元洪武，一个志在天下的明王朝正式建立。
天下自然包括北方，南京适不适合作为大一统王朝的首都呢?朱元璋自己也产生了疑问。
吴元年十月，明军挥师北伐，到洪武元年八月，元大都(今北京)拿下，当然，此时元军仍然盘踞在北方众多地区，直接把大都设为都城是不可能的，安全性太低了，朱元璋中意的北宋故都开封。
在洪武元年三月拿下山东、河南后，四月份朱元璋就跑去河南视察了一番，改汴梁路为开封府。
《明史》载：(洪武元年)八月己巳，以应天为南京，开封为北京。
由于元朝残余势力强大，北方仍然处在战争之中，这点从元大都的新名字——北平府可以看出来，朱元璋希望北方和平。在此情况下，朱元璋并没有驻留开封，而是回到了南京。
次年，朱元璋又增设了一个都城，那就是他的老家凤阳，称中都。这个都城的设立没有战略意义，跟项羽那种“富贵不还乡，如锦衣夜行”的观念是一样的，后面因为劳民伤财，朱元璋叫停了中都的宫殿建设。
随着北方的安定，明朝逐步走上正轨，朱元璋再次动起了迁都的念头，开封、洛阳、西安先后入选。
洪武二十四年(1391年)，朱元璋派太子朱标巡视关中，考察西安是否适合作为都城。但是朱标返回南京后不久即患病，次年病逝，时年38岁。