逼迫卫子夫的人，正是汉武帝，汉武帝选择这种另类逼杀，是因为卫子夫参与了太子刘据的“反叛”，也就是那场著名的巫蛊之祸。
巫蛊之祸，起于巫蛊，却跟汉武帝父子之间的裂痕有关。
汉武帝为人好色，但生儿子却很晚，直到29岁才生下长子刘据。刘据的生母，就是卫子夫，此时她已经入宫十年，先后为汉武帝诞下三个女儿。
一朝得子，扫除了汉武帝心中多年的阴霾，他终于不用忧虑自己的身后事了，可以腾出手来继续他的霸业。
此时陈皇后已经被废，卫子夫顺理成章地成为汉武帝第二任皇后，刘据也成为汉武帝的嫡长子，太子位第一候选人，并在七岁时转正，成为大汉王朝的太子。
汉武帝早年对儿子颇为关心，亲自选定太子的老师，太子加冠成年后，他又在长安城南修建了一座博望苑，让太子结交宾客。
随着汉武帝年龄逐渐增长，太子作为储君，在朝堂的影响力也在缓慢增大，但这对父子的施政理念可以说截然相反。
汉武帝刚猛霸道，为了征伐四方，不惜实行盐铁专卖等制度与民争利，同时任用酷吏，以杀伐立威权，尽可能地将权力集中在自己手中，武帝朝丞相屡屡死于非命就是因为他们制衡了皇帝太多权力，皇帝想要削弱他们。
太子则为人和善，主张以温和的手段治理国家，朝堂是那些为汉武帝所不喜的温和派人士，就站在了太子一方，以求将来太子继位后，能够实现政策的转向。
问题是，汉武帝活得太长了，父子间的矛盾积累了二十余年，在武帝晚年因皇帝的迷信、猜忌、恋权和太子的畏惧、暴起以及有心人的运作、诬陷下集中爆发。
征和元年(公元前92年)十一月，汉武帝在建章宫内见到一位陌生的持剑男子，侍卫没抓到，汉武帝调遣骑兵搜查上林苑也无果，接着汉武帝下令封闭长安城门，全城挨家挨户进行搜捕，仍然没有搜到此人。
当时迷信之风盛行，士兵从城中搜出不少巫蛊用具，汉武帝怀疑是有人用巫蛊诅咒自己，所以该男子才会来无影去无踪。
汉武帝将家中藏有巫蛊用具的人处死之后，一个人的上书掀起了更大的波澜，那就是朝廷通缉犯朱安世。朝廷想抓捕朱安世而不得，丞相公孙贺为了给贪污的儿子公孙敬声赎罪，用尽手段把他送进了大牢，结果他在狱中上书，状告公孙敬声与阳石公主私通且埋木偶人诅咒皇帝。
于是公孙贺灭族，诸邑公主、阳石公主均受牵连而被处死。
两个公主被杀，让江充等人看出了汉武帝对巫蛊的忌讳，也看到了扳倒太子的希望，连女儿都能杀，儿子又有什么不能呢?反正汉武帝又不是只有一个儿子。
不久，汉武帝去长安城外的别宫甘泉宫养病，皇后太子都不带，反倒是江充等近臣尽皆随行。老皇帝的身体是不怎么行了，病情反而严重了点，做梦还梦到有几千木偶人拿着棍子打他，汉武帝“合理”猜测，觉得还是有人诅咒自己，需要继续追查，近在眼前的江充被委派负责此事。
江充算是另类的酷吏，专门抓豪族贵戚来获取汉武帝的信任，就算是太子求情也不放过，由此二人结下梁子，江充认为有必要先行解决掉太子，免得汉武帝驾崩后自己被清算。
江充带人返回长安，开始大挖特挖，最后挖到太子的东宫，挖出来木偶人，江充得意洋洋，准备去甘泉宫禀告汉武帝。
另一边，太子惶恐不安，找太子少傅石德商量后，觉得越权行事，干掉江充。江充仗着皇权横行惯了，三下五除二就被太子解决，但他的副手苏文逃了出去，跑到甘泉宫报告太子造反。
父子间信息交流的不畅开始发挥可怕的威力，汉武帝为了验证太子是否造反，派使者召太子到甘泉宫。可这个使者怕死，半路就返回了，报告太子确实谋反。
而太子也不知道汉武帝是否活着，干脆控制长安再做打算，他派人入宫向母亲禀告情况，然后武装门客、囚徒及长乐宫卫士，攻打丞相府。
丞相刘屈氂派长史前往甘泉宫，禀告太子谋反，汉武帝彻底信了，下令刘屈髦率兵平乱，诏发三辅地区的武装力量，同时自己往长安城赶。
太子寻求北军(长安戍卫部队)支持失败，武装市民与丞相军作战，激战五日后太子军溃败，太子逃出长安城。
汉武帝派宗正刘长、执金吾刘敢收回卫子夫的皇后玺绶，这已经等同于废后了，卫子夫也已得知儿子战败逃亡，绝望之下选择自杀。二十多天后，刘据也在追捕中自杀。
整个过程中，卫子夫唯一的动作就是协助儿子控制长安城，在巫蛊事起的数个月中，她毫无表现，这也是她能稳坐后位三十余年的原因，在汉武帝这个霸权君主面前，任何女主执政的苗子都会被扼杀，卫子夫只有端坐椒房殿，才能勉强在“色衰爱弛”的情况下继续当着皇后。
换而言之，随着卫子夫的年老色衰，皇帝的爱早就没了，她完全是靠着自己的能力、外戚的帮衬和太子的身份维持着地位，随着外戚相继离世和被杀(公孙贺是卫子夫姐夫，也是外戚中最后一个大人物)，卫子夫只剩下儿子这个依靠，所以刘据在禀告后，她立刻对儿子起兵表示支持。
在这母子二人相继自杀后许久，汉武帝脑袋终于清醒了，对参与巫蛊案、陷害太子的臣子进行严惩，随后又建了思子宫、归来望思之台，以寄哀思。
这些都是针对刘据的，对于卫子夫，她只是被汉武帝派人用小棺葬在了长安城南桐柏亭，全无皇后身份，汉武帝也完全没有要将其改葬到自己的茂陵的意思。汉武帝去世后，霍光“缘上雅意”(按汉武帝的意思)，追封李夫人为孝武皇后，与汉武帝合葬。
如果汉武帝有所后悔的话，卫子夫不会是这个待遇，毕竟卫子夫生前只是被收了印绶，废后诏书并未下达，名义上她是没有被废的，这也是日后她的曾孙汉宣帝能给他上谥号的原因，废后是没有资格享有谥号的。