秦琼属于比较早投身军旅的将领，但一开始投的不是唐军，而是隋军，还在隋末参加过镇压起义军的战役，博得勇武之名。
后来秦琼随裴仁基投奔了瓦岗军，王世充击败了瓦岗军后，秦琼暂时投奔了王世充，因不耻王世充的为人，与程咬金等人投奔了李唐，被唐高祖李渊安排到秦王府为属将，随秦王李世民出征。
秦琼不愧勇将，在数次战役中立下大功，李渊亲自赏赐犒劳他，授予其秦王右三统军的官职。
之后秦琼参与了唐朝统一中原的历次战役，参与击败宋金刚战役后，拜上柱国。参与平定王世充、窦建德和刘黑闼等的战役后，封爵翼国公。
武德九年(626年)六月初四，玄武门之变爆发，李世民通过政变除掉了大哥和四弟，同时从李渊手中取得大权。
秦琼在玄武门之变的身影非常模糊，关于他是否直接参与政变，两唐书的记载并不一致，但有一点是一致的，秦琼在政变之后加官进爵了。
六月四日，从诛建成、元吉。事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户。(《旧唐书·秦琼传》)
及平隐、巢，功拜左武卫大将军，实封七百户。《新唐书·秦琼传》
政变前后秦琼的封爵没有变化，只是食邑涨到了七百户，官职则从秦王府右三统军变为左武卫大将军。
这种职务变动有多大呢?我们结合唐朝制度来看一下。
唐朝的官制非常复杂，爵位、勋衔、职官等等的品级都是不互通的。
先说爵位，爵位分九等，一曰王，食邑万户，正一品;二曰嗣王、郡王，食邑五千户，从一品;三曰国公，食邑三千户，从一品。虽然唐朝中后期有封外姓郡王的事例，但唐初并没有，所以秦琼的国公已经是臣子的最高爵位了，当时秦王府属将中他的爵位最高。
再看勋衔，勋衔有十二等，以功劳统计单位“转”来计算，“转”的功劳是很大的，坚城苦战，功第一者也才三转，而秦琼累积到了十二转，得到了最高的上柱国，正二品，还是秦王府属将中最高的。
最后是职官，秦王府右三统军是秦王府属官，隶属于秦王李世民，但也有对应朝廷的品级。唐朝职官有九品，有正、有从，自正四品以下，还有上、下，总共有三十等。
其中一品二品多为散官，也就是不管事的象征性官职，如三师太师、太傅、太保和三公太尉、司徒、司空全都是正一品，三师表示天子所师法，无所总职，三公表示佐天子理阴阳、平邦国，无所不统，其实根本就不管事。
当然唐初有少数的实职是二品的，比如尚书省长官尚书令是正二品，李世民就当过，后来没人敢当了，尚书令下面左右仆射成了尚书省的实际长官，不过这两官是从二品的，后面为了降低宰相的官职，尚书省长官经常用更低官职代摄。
秦王府右三统军和左武卫大将军都是武职，武职最高也就正三品，而秦王府右三统军是正四品下，左武卫大将军是正三品，秦琼相当于跳级升到了最高武职。
按理说，秦琼样样都达到了最高，应该说他参与了玄武门之变了吧，就算他是李世民的老部下，李世民也不会无缘无故赏赐站队不果断的人吧。
从这点看，秦琼的确应该参与了玄武门之变，但并没有参与或者执行方案制定、埋伏、逼宫等关键步骤，比如尉迟敬德，政变前他的爵位是低于秦琼的，可政变中他砍人逼宫，功居第一，政变后封吴国公，实封千三百户，约是秦琼的两倍，只能说是功劳差异。