康熙二十八年(1689年)七月，大清帝国与沙俄在尼布楚签订中俄《尼布楚条约》，条约签订后，清廷与沙俄的战争状态告一段落。康熙皇帝开始把目光投向蒙古诸部，此时的喀尔喀蒙古诸部正在遭受准噶尔部大汗噶尔丹的进攻，在相继占领南疆大部，攻灭叶尔羌汗国，称雄西域后，噶尔丹开始向蒙古诸部发起进攻，他的宏图大志是要恢复成吉思汗曾经的霸业。
绰罗斯·噶尔丹，源自藏语“甘丹”，意为兜率天，也先的后裔(非黄金家族后代)，巴图尔珲台吉第六子。康熙九年(1670年)，噶尔丹夺得准噶尔统治权，承袭为准噶尔部大汗。执掌最高统治权后，噶尔丹即召集谋臣，商议巩固权力，扩大势力的方略。噶尔丹的谋臣对他说道：‘立国有根本，攻取有先后，不可紊也。李克用之先世，发迹金山，根本不立，遂不能成大事，我太祖(指元太祖成吉思汗)初兴，灭国四十，奄有四万，然后促夏执金，混为一尊’。噶尔丹善其言，乃为‘近攻计’(即远交近攻)”。所谓“近攻计”的具体步骤是先统一天山北路之卫拉特蒙古诸部，进而出兵天山南路，统治回疆，以确立准噶尔在天山南北广大地区的有效统治，与此同时拉拢蒙古诸部，与他们建立良好关系，以便今后各个击破。在这样的战略指导之下，噶尔丹先是击败和硕特部首领兼卫拉特盟主的鄂齐尔图汗，把卫拉特联盟变为事实上的准噶尔汗国，达赖喇嘛五世应噶尔丹之求，赠其“博硕克图汗”号，噶尔丹成为自也先称汗后，两个多世纪以来绰罗斯家族自已称汗的唯一封建主。之后噶尔丹又率领十万准噶尔骑兵征服哈萨克汗国、攻灭叶尔羌汗国，称雄西域。
噶尔丹在天山南路的统治确立前，即着手加强军事集权统治体制，要求所属官员不得延误税赋征收，并采取一系列保证兵源，改善作战装备的措施。史载：“作小连环锁甲，轻便如衣。射可穿，则杀工匠，又使回教火器，教战，先鸟炮，次射，次击刺。令甲士持鸟炮短枪，腰弓矢佩刀。用骆驼驮大炮以加强机动性，出师则三分国中人相更番，远近闻之咸慑服”，使准噶尔骑兵的战斗力大大增强。与此同时，还采取一些发展生产的措施，噶尔丹“招徕归附，礼谋臣，相土宜，课耕牧，修明法令，信赏罚，治战攻器械”，一时准噶尔“资用报备，不取给远方”。但其在南疆穷兵黩武的统治却令南疆地区各民族部众苦不堪言，又恣意索取牛马妇女人丁，回众不堪其扰，如居水火。
为了实现其称霸西北的方略，他“试图采取吸引俄国人的政策”。在噶尔丹看来，“和俄国结盟才有可能征服蒙古”，因而采取了“北通好于俄罗斯”的方针，以争取沙俄的支持。随着其势力的日益增大，已经严重威胁到了清王朝的统治和国家领土之完整。中俄《尼布楚条约》签订两年之后，噶尔丹突然率兵越过杭爱山，大举进攻漠北的土谢图汗部，他要统一蒙古诸部，实现祖先成吉思汗的霸业。喀尔喀诸部首领都无法抵挡，于是联名向康熙皇帝求救，康熙帝认为噶尔丹其势日盛，如不彻底将其击败，则后患无穷。于是，康熙帝决议亲征。
康熙二十九年(1690年)七月初二日，清廷发兵10万，采取分进合击的方略，康熙帝自率中路军，命福全为抚远大将军率左路、常宁为安北大将军率右路，分别由古北口、喜峰口出击;又令盛京、吉林将军出兵西进，协同主力作战。七月二十九日，两军相遇于乌兰布通，准噶尔军列营于山坡上，因东西两翼无屏蔽，噶尔丹命将万余头骆驼缚足卧地，背上加箱笼，蒙以湿毡，构成"驼城"，士兵依托箱垛，发射弓矢、火器，进行阻击。清军及时调整部署，以火器兵为前列，步兵继后，骑兵为两翼。八月初一，清军集中火炮轰击，自晡至暮，向驼城中段轰击，猛烈的炮火将骆驼炸得血肉横飞，驼阵被撕开一个很大的口子，正面的清军步骑兵随后发起勇猛的冲锋，另一支清军则从驼城背后夹攻。噶尔丹的叛军被打得丢盔弃甲，横尸遍野，大败的噶尔丹仅率少数残兵逃循。但不甘心失败的他在乌兰布通之战之后退据科布多招集旧部，并求援沙俄，图谋再举。
康熙三十四年(1695年)九月，噶尔丹率全部骑兵3万人，东掠喀尔喀蒙古车臣汗部。次年二月，得知噶尔丹行动的清廷发兵约10万人，分三路出击，康熙帝亲率中路军3万人出独石口。五月十三日，清军西路进抵昭莫多，清将费扬古以逸待劳，将东阵兵陈于山上，居高临下，依险俯击，弩铳迭发，又用骑兵迂回于准噶尔军后部，另一部袭击其阵后家属、辎重，噶尔丹大败，其妻阿努可敦等被击毙，众皆溃散，最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。乌兰布通之战使噶尔丹丧失了进攻的锐气，而昭莫多之战使噶尔丹彻底丧失了有生力量，噶尔丹的“东进政策”终以彻底失败而告终。经过两次大战，噶尔丹的势力土崩瓦解，康熙帝要噶尔丹投降，但是噶尔丹负隅顽抗，他不愿意做一个投降的大汗。隔了一年，即康熙三十六年(1697年)，为了斩草除根永绝后患，康熙帝又带兵渡过黄河亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁地区已经被他侄儿策妄阿拉布坦占领，他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导，南疆诸部台吉也纷纷率部降清，连他的女儿和女婿也率部投降清廷。走投无路，众叛亲离的噶尔丹在绝望之中服毒自杀而死。