崇祯十六年(1643年)三月十八日，李自成率领的农民军攻入北京城，崇祯皇帝在赐后妃自尽和刺死女儿后，命内监将太子及诸皇子分别送往勋戚周奎、田弘遇家中避险，崇祯帝则自缢于煤山。李自成入主紫禁城后，周奎等将太子、永王等及受伤未死的长平公主献出。从此他们成了李自成的俘虏，被俘的皇五子朱慈焕此时仅有十二岁(出生于崇祯五年，生母为田贵妃)。
顺治元年(1644年)四月，李自成命权将军刘宗敏率军十万征讨不肯归附的山海关总兵吴三桂。为了争取吴三桂，吴三桂之父吴襄、太子及皇子等皆随军而行。四月二十三日，李自成军大败于山海关。太子与永王等被乱军冲散，朱慈焕也在此时开始了乱世飘零。清军南下后，太子朱慈烺等崇祯帝的皇子先后被清军抓获并处死(一说死于乱军之中)，各地明皇室人员几乎被诛杀殆尽。惟一幸存的皇子朱慈焕四处躲避并一路以乞讨为生。一天他乞讨到了一户王姓乡绅家，没有城府的朱慈焕向王乡绅透露了自己的身份。王乡绅帮他改名为王士元，让他留在家中和自己的儿子一起读书。朱慈焕这才过上了几年的安稳日子。
几年后，王乡绅病死，王家不愿意再收留他，无奈之下朱慈焕只得再次流浪，最后到了浙江的一所寺庙中出家为僧。原本以为自己的余生会伴着青灯古佛渡过，但气质不俗，知识渊博的朱慈焕被当地的一位胡姓乡绅看中，胡乡绅把自己的女儿嫁给了他，结婚后，朱慈焕仍用王士元名并以教书为业。朱慈焕就这样平淡地过了几十年，在这几十年的时间里，南明覆灭、三藩之乱，各地的聚众反清，这一切的一切与他这个教书匠都毫无关系。他的一生小心翼翼，安分守法，一直只想安安稳稳的度过余生即可。
朱慈焕育有三男两女，而且有了孙子，可谓是儿孙满堂。但康熙四十七年(1708年)，大祸临头了。在一次酒后，朱慈焕向一个老友道 出了自己身世的秘密。天下没有不透风的墙，紧接着浙东就有了念一和尚打着他的名号起事反清。朱慈焕闻讯大惊，立刻带着家人出逃，但最后还是被抓捕回来。其一妻，二女，一媳俱自缢而死。康熙皇帝下旨道：“朱三即王士元，著凌迟处死，伊子俱着立斩。”逃亡一生须发皆白的朱慈焕，亲眼看着自己的三个儿子被斩首，七十五岁的他也被一刀一刀的凌迟处死。至此，崇祯帝的子孙被彻底诛灭干净。