由于年幼，刘辩继位后的朝政实权掌握在母亲何太后和母舅大将军何进手中。少帝在位时期，东汉政权已经名存实亡，他即位后不久即遭遇以何进为首的外戚集团和以十常侍为首的内廷宦官集团的火并。光熹元年八月(189年9月)，意欲尽诛宦官的何进在宫中的嘉德殿前被张让等“十常侍”杀死。何进的下属袁绍等人见何进被杀，率军闯宫报仇，尽诛宫中宦官两千多名。张让等人见势不妙，于是劫持少帝刘辩、陈留王刘协逃离了皇宫。不久，张让、段圭被卢植追兵斩杀，其余的宦官见到大势已去，也纷纷投河自尽。在逃亡期间，刘辩风餐露宿、缺衣少食，尝尽了人间疾苦，但他的厄运却远不止如此，因为他又遇到了董卓。
奉何进之令入京“勤王”的并州牧董卓率军赶赴洛阳之时，在途中听说宫中有变，刘辩被劫，立即前去迎驾，想以此捞取日后立足朝廷的政治资本。少帝望见董卓突然率大军前来，吓得哭泣不止。董卓上前与少帝叙话，少帝说起话来语无伦次，而一旁的陈留王则对答如流。董卓十分高兴，觉得陈留王比少帝贤能，于是心里有了废黜少帝，改立陈留王为皇帝的念头。当然，一个九岁的孩子是否贤明并不重要，重要的是要借此立威，身为手握重兵的军阀，当然知道中国历史上欲行篡逆，必先废立的传统。废立之间可以借机铲除朝中的反对势力，同时又为自己的夺权篡位铺平了道路，何乐而不为呢?至于少帝刘辩，不过是这场政治游戏的一颗并不重要的棋子罢了，没有利用价值时扔了就扔了。
董卓入京后，自封为司空，权倾朝野。昭宁元年九月(公元189年9月)，董卓逼何太后下诏立刘协为帝，废黜少帝为弘农王，皇太后还政(自5月15日即位-9月28日被废，少帝在位仅一百三十多天)。陈留王刘协遂即位，改元永汉，是为汉献帝。董卓废少立献的第二年正月，董卓也因擅自废立君主，祸国乱政，加之其恣意妄为，引发天下豪杰起兵讨伐。董卓怕他们以迎废帝弘农王复位为名讨伐自己，干脆将弘农王刘辩以毒酒鸠杀，时年仅十五岁。初平元年(公元190年)二月，献帝下诏将哥哥弘农王葬于已故中常侍赵忠的墓穴中，谥曰怀王。赵忠是汉灵帝时期著名的“十常侍”之一，后来，赵忠在宫变中被袁绍诛杀弃尸，其墓穴也就成为一座空墓，这座空墓便成为了刘辩最后的归宿。曾经的帝王却只能葬在宦官之墓，少帝刘辩也成为了汉朝唯一一个死后被葬入了太监墓的皇帝。