建兴四年(公元316年)，长安失守，西晋灭亡，中原地区长达一百多年的大动乱开始。西晋灭亡后，司马睿在晋朝贵族与江东大族的支持下在建康重建晋廷，为晋元帝，史称东晋。因为北方外患威胁仍在，大量北方世族及皇族衣冠南渡，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，使得江南诸州次第归附，东晋得以偏安。然而东晋在重要地区用大族作镇将，因而形成地方割据的局面。依靠大族支持和民众容忍而存在的东晋朝，在统治集团内部分裂和民众起义不断的情况下，渐渐皇权衰落，不得不归于崩溃。元熙元年(419年)，东晋最后一位皇帝司马德文即位，此时的晋廷大权皆掌握在宋公刘裕手中，司马德文不过是刘裕登基称帝前的一个摆设而已。
晋恭帝司马德文，字德文，晋孝武帝司马曜次子，晋安帝司马德宗之弟。初封琅邪王，之后历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司等官职，后迁车骑大将军。隆安三年(399年)开始的桓玄之乱让东晋这座摇摇欲坠的大厦又受到了致命一击，桓玄篡位后，贬晋安帝为平固王并逐出建康。这次动乱给了镇军将军刘裕一个千载难逢的机会，刘裕率军攻灭桓玄后掌握了晋廷大权，掌权后的刘裕排挤迫害与他不和的大臣，并矫诏安插亲信为各地刺史。义熙十四年(418年)，刘裕接受相国、总百揆、扬州牧的官职，受封为宋公，建立宋国，并受九锡殊礼。司马德文知道刘裕有篡位与杀害晋安帝的企图，而且晋安帝本人不辨饥寒，司马德文便随侍于晋安帝左右，寸步不离。但百密一疏，在司马德文一次因病外出之时，刘裕便乘机派人缢杀了晋安帝。
刘裕本人有意自称皇帝，但由于图谶所言“昌明(晋孝武帝)之后有二帝”，于是刘裕为符合图谶所言，便于义熙十五年(419年)立司马德文为皇帝 ，改年号为元熙，是为晋恭帝。恭帝即位之初就知道自己不过是刘裕手中的一个傀儡，因此小心翼翼以求自保。在过了近一年朝不保夕的生活后，元熙二年六月(420年7月)，刘裕见时机成熟，用事先拟好的禅位诏书逼晋恭帝誊抄，代晋称帝，东晋自此灭亡。禅位后的晋恭帝司马德文被刘裕封为零陵王，其正朔，车驾、衣服等都依晋朝规格。然而刘裕并没有像当年晋武帝司马炎对待魏帝曹奂那样的宽大，他要斩草除根。一年后的永初二年(421年)九月，刘裕命人携毒酒前去鸩杀司马德文，而司马德文却拒绝说：“佛教教义中说，人凡自杀，转世不能再投人胎。”兵士便将他挟上床去，用被子蒙住他的脸面活活闷死，时年三十五岁，谥号恭皇帝。
至此，两晋王朝的故事也就此结束。两晋从司马懿父子数十年的苦心经营，到之后晋武帝司马炎攻灭吴、蜀一统天下，再到八王之乱，衣冠南渡，再到偏安江南，受制于士族大家，中间多少故事。司马氏一族所建立的两晋，共历十五帝，历国一百五十余年，而天下形势依然分分合合，你家唱罢我登场。以《临江仙》一首以结尾：
滚滚长江东逝水，浪花淘尽英雄。
是非成败转头空。
青山依旧在，几度夕阳红。
白发渔樵江渚上，惯看秋月春风。
一壶浊酒喜相逢。
古今多少事，都付笑谈中。