先说六部尚书。六部和尚书实际上是两个不同的概念。六部，是中国隋唐至清末中央行政机构吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部的总称，是中国古代数个官署的统称。尚书，是中国古代官职名之一。尚书最初是指掌管文书奏章的官员。隋代始设六部，唐代确定六部各部以尚书、侍郎为正副长官。
就这样，六部尚书成了一个官职，中央内阁六个部门的最高行政长官，从隋朝一直到清朝，基本没什么变化，六部制度基本不变。
都是六个部。部名不变，都叫吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。职能也基本都差不多，吏部管官员，负责组织或人事;户部管度支，相当于财政、税务部分;礼部管礼教，相当于现代的文化教育兼外交礼宾，精神文明建设和国家重大活动;兵部管军政，相当于国防;刑部管刑律，相当于司法;工部管营造，相当于城乡建设。六部的排序也不变，即吏、户、礼、兵、刑、工。官名不变，六部长官都叫尚书，次官都叫侍郎;各司正职都叫郎中，副职都叫员外郎，属官则有主事等。
唯一不同的是六部官员的官阶，六部最高长官尚书，唐代是正三品，宋代是从二品，元代是正三品，明代正二品，清代是从一品。
其实从官阶的变化，也可以看出专制主义皇权的加强，到明代朱元璋后，丞相废除，六部直接对皇帝负责，相当于现在的事业部总监直接对总经理负责，中间没有副总之类的。
说完六部我们再看总督。说到总督就要说古代地方行政权力的划分。
严格来说，秦朝之后，才有地方的说法，秦朝实行郡县制后，地方确定，大一统中央集权建立，秦朝的地方最高长官叫郡守，郡守均由皇帝直接任免。
汉代渐渐演化，最高长官叫刺史，荆州刺史，也叫州牧的，比如冀州牧之类的，总之差不多都是同一个人兼职。
无论是州牧还是刺史，都是中央派到地方的官，原本是为了监察、督查，七变八变的变成了地方最高长官。
魏晋南北朝的时候，基本是刺史，比如荆州刺史、扬州刺史。唐代地方行政原本也只有两级：州府一级，县一级，但唐代也有中央派到地方的长官，我们很熟悉，叫节度使，安禄山就是身兼三镇节度使，而这个节度使制度演化为唐朝后期的藩镇割据。
宋代鉴于唐五代藩镇之祸，为加强中央集权，削除藩镇，节度使成为空衔，所以只有州府和县两级，但也有中央派到地方的各种官，帅、漕、宪、仓等等，主要是把原来节度使的权力拆分了。
元朝的地方官制形成省、道、州、县四级制。明朝基本沿袭元朝的设置，只不过把“行中书省”废了，改称“承宣布政使司”，其长官则叫“承宣布政使”，简称“布政使”。明朝成了省一级，府一级，州县一级。不过明朝也有中央派出官员，不止一个，有三个，叫总督、巡抚和巡按。清代沿袭明朝制度，但派出官员只有两个，叫总督和巡抚。
这就是总督的来历，明清都是总督最大。
那么，现在我们回到前面的问题。其实，无论是六部尚书还是总督，他们不是一个类别的，无法比较，一个横向，一个纵向。但非要比较的话，也可以。我们以清代的六部尚书和总督为例子。
清代六部尚书的官衔是从一品，比清朝总督正二品的官衔大上一个档次，不过因为清朝每个总督在下放到地方掌握地方大权的时候，清朝皇帝都会给他们赐予兵部尚书的加衔，所以清朝每一个总督在地位上都是不输于六部尚书的。
而在这众多的总督中，因为有些人会被皇帝授予正一品的大学士加衔，所以有时候、有些总督的地位是要比六部尚书的地位高一些的。
所以从官阶上来说，六部尚书和总督差别不大。
从具体权力上来说，这个要分门别类，六部尚书有具体的分工，他们都各管各自的一块，权力极大。比如吏部，掌管着全国各地官员们的调免权，还比如户部尚书掌管全国土地、户籍、赋税、货币、官员俸禄、财政收支等事务。
但实际上清朝的六部尚书权力不如明朝，明代六部直属皇帝，虽然上面有大学士，但官阶很低，只有正五品。清代尚书上面不仅有内阁，还有军机处。
而总督了，相当于地方诸侯，地方上的一切事情，他们都可以做主，总督可以直接调遣自己辖区内的军队、粮饷大权，可以直接履行一省巡抚的职责。总之，地方上的事情都是他说了算。
我们用一个故事可以来说明总督和六部尚书的权力。
李鸿章直隶总督，公元1875年，他负责奉命组建北洋水师，自然要花钱，钱从哪里来，他自己不可能掏钱，钱就要从户部拨款，当时李鸿章的时候，清朝已经入不敷出，财政困难，虽然如此，户部仍然每年拿出400万两银子，分别拨付给南洋水师和北洋水师，各200万两银子。在户部的全力支持下，李鸿章从国外购买了一批先进的舰船，使得北洋水师迅速壮大起来，舰队实力排名亚洲第一、世界第九。
不过后来翁同龢任职户部尚书后，此人是李鸿章的对头，他立即以海军规模已具和国家度支艰难为由，奏请朝廷同意，停止了对北洋水师的大规模财力支持。
结果北洋水师缺钱后，舰队发展严重滞后。
李鸿章直隶总督，翁同龢户部尚书，可见二者是可有千秋的，说不上的谁的权力更大。
最后从福利待遇上来说，六部尚书的福利要好于总督，六部尚书不仅薪水比总督高，而且还可以享受分房政策，六部尚书的年俸为180两银子，禄米180斛。总督的年俸为155两银子，禄米155斛。清朝时期，朝廷一品大员的住房标准是20间房子，相当于一套三进三出的四合大院，很是气派。但总督就没有这个福利。