1644年清朝入关，其战略目标在中原内地，这段时期他们主要的活动就是消灭反清势力以及南明小朝廷。
在构建直省八旗驻防体系之时，满蒙之间进行了政治联盟。彼时的蒙古诸部有着三种势力：
第一种：是满洲的追随者，他们被编入了蒙古八旗，与满族八旗是一体的;
第二种：则是臣服者，他们被纳入了盟旗系统，由旗长分封为札萨克;
第三种：则是反叛者，他们被纳入了总旗的管辖范围，意在便于监督和管辖。
除了这三种势力之外，还有一种尤为特殊的势力存在，这就是降而复叛、叛服不定者，满清对于这种势力一直进行了剿杀，而其中最重要也是最艰难的就是攻打准噶尔部。
事实上清政府与准噶尔之间的抗争由来已久，以1640年的蒙古塔尔巴哈台会盟为起点，到以1762年伊犁将军府设立为终点来算，历时122年之久，影响相当深远。
那么清朝剿灭准噶尔到底是属于内战还是属于外战呢?康熙皇帝是平定准噶尔还是吞并准噶尔呢?
首先我们从准噶尔汗国的政权性质来分析一下，准噶尔系漠西蒙古的一支，它的起源可以追溯到《蒙古秘史》。
准噶尔汗国或称卫拉特蒙古、厄鲁特蒙古，它的统辖范围是四卫拉特：和硕特、绰罗斯(准噶尔)、杜尔伯特、土尔扈特以及其他的小部。
它的崛起得益于蒙古政权的互相博弈，而它的延续时间是相当长的，在"土木之役"俘获明英宗之后，达到了全盛的局面。
明末，满洲崛起建立了后金，准噶尔是与后金并存的政权。
即便是后金逐步控制了漠南、漠北蒙古之后，准噶尔与满洲政权也不属于统属地位，它是介于沙俄和清朝之间的独立政权。
准噶尔汗国统一了中亚及蒙古区域，与满洲政权统一东北以及内地直省的性质是相同的，从史学观点来看，满洲和准噶尔的地位相当于五代十国时期的互相割据。
而康熙大帝将其抗清定性为叛清，实际上是满洲视角的产物，并不符合史学观点。
满洲视角下将自身视为正统，故而元朝蒙古以来的准噶尔就成为了分裂的一部分。
准噶尔与满清的政治目标是一样的，它希望通过统一天山北路卫拉特各部，而后征服回疆诸地区，进而将天山南北连成一片。
准噶尔的第二步就是征服哈萨克、布鲁特诸部落，而后实现整个中亚地区的统一，它的核心目的地是漠北地区。
征服了漠北地区的喀尔喀诸部之后，中亚区域和蒙古草原就此落入了准噶尔的手中，青藏教区合并之后将形成一个蒙藏统一体，而后再完成准噶尔的终极目标：统一中国。
这一点在塔尔巴哈台会盟、《卫拉特法典》中有着非常详细的记载。
满清对准噶尔的征服从史学角度来看，是一场向外的战争，而并非满清宣扬的平定准噶尔叛乱。
准噶尔与清朝之间的核心矛盾在于蒙古的统一问题，准噶尔部落干涉了清朝统一漠南、漠北的统一进程，而潜伏在漠西的准噶尔是清朝最大的安全隐患。
准噶尔汗国为清朝一大威胁，其政权的存在与覆灭，对清朝八旗驻防格局影响巨大。
清朝采取了对准噶尔的三大区域：北部区域、中部区域、南部区域进行了分别的处理，并且积极联系沙俄对抗准噶尔。
这场旷日持久的战争最终使得准噶尔败下阵来，清朝真正意义上实现了"大一统"，中国近现代的版图基本雏形就此固定了下来。