清朝入关以来，在政治、经济、法律等领域，全面对明朝的制度进行承袭(抄袭)。明朝有内阁，清朝也有内阁;明朝有《大明律令》，清朝有《大清律例》……不过，在经过长期的学习借鉴后，清朝也在某些方面进行了制度创新。
比如，雍正皇帝就创造性地发明了军机处。
1729年，清朝出兵平定准噶尔部的叛乱。当时，雍正皇帝为方便处理军政要务，在靠近养心殿的隆宗门设立军机房。1732年，军机房改为军机处。入值军机处的大臣，由皇帝挑选，由内阁、六部等机构抽调来的大臣兼任，被称为军机大臣。
军机处最初的职能是跪受笔录，承命拟旨。不过，随着时间的推移，军机处的权力越来越重，已经变成了一个“掌书谕旨，综军国之要，以赞上治机务”的权权力中枢，即秉承皇帝的旨意办理军政事务——军机大臣因此与内阁大学士一样，被尊称为中堂大人。内阁大学士有宰相之名，军机大臣有宰相之实。
雍正皇帝为什么要设计“军机处”这一个机构出来呢?归根结底一句话：更方便地将权力集中到他一个人之手。
在清朝创立之初，皇帝的权力受到了很大的制约。由满洲贵族担任的议政大臣，通过召开议政王大臣会议的方式，来参与军国重务的处理。在议政王大臣会议上，皇帝本人也不能享受“一言九鼎”的权力。在清朝入关前后，由于战争频繁，议政王大臣会议发挥了很大的作用。
可是，当清朝逐渐平定了中原，稳定了局势后，皇帝与议政王大臣会议之间就难免发生了矛盾。顺治皇帝和康熙皇帝采取的做法是，以内阁来处理军政要务，抵消议政王大臣会议的影响。
1678年，皇太子胤礽患上了天花，让康熙皇帝忧心忡忡。康熙皇帝全心全意陪伴在皇太子身边，吩咐命令将所有的奏折送到内阁处理。
不过，清朝始终没有给内阁授予太大的权力，抵消议政王大臣会议影响的效果很有效。康熙皇帝随即设立了南书房，选拔才品优长的汉人大臣入值。南书房位于乾清门西侧，与康熙皇帝寝宫乾清宫相距很近。康熙皇帝能够随时与入值南书房的汉人大臣商议军国大事。
这时候，南书房承担了皇帝核心秘书的职责，类似于军机处的前身。但它也没有从根本上解决议政王大臣会议的问题。
雍正皇帝设立军机处后，将它与奏折制度相结合，逐步扩大了它的权力，对议政王大臣会议成功地实现了架空。在雍正皇帝之后，乾隆皇帝继续增大军机处的权力，使得它所承担的职权，超过了议政王大臣会议和内阁，成为全国政事的中枢。
在这情况下，议政王大臣会议成为了多余。当乾隆皇帝再也无法忍受满洲贵族们在议政王大臣会议上的唠唠叨叨后，干脆将这一个早已名存实亡的制度予以废除。
那么，当军机处的权力一再增加后，会不会尾大不掉，反过来影响到皇帝的权力呢?
事实上，这种危险是存在的。
乾隆时期，和珅长期担任领班军机大臣。和珅出台了一项制度，规定“凡有奏折，令具副本关会军机处”，这就意味着，军机处将会控制奏折的流动，割断了大臣通过奏折向皇帝揭发弹劾军机处劣行的信息渠道，使得皇权在一定程度上被架空了。
这种现象，当然不会被皇帝接受。乾隆皇帝死后，嘉庆皇帝扳倒了和珅，立即废除了这一条规定，避免了军机处吞噬皇权的危险。