当雍正皇帝通过悲剧性的“九子”时，他没有采取太多行动，主要是为了保持稳定。政治上也是相沿以前老爹康熙的政策和轨制，以至于连身旁的重臣富察·马齐和张廷玉等人，也都是老爹选中给他留下应用的。
雍正七年(1729年)时，面对西北少数民族的叛乱，雍正派出大军前去平叛，因而日常的军情和事务非常繁忙和紧迫。内阁的兵部、户部等相互署理时，缺乏配合，慌乱不已，引得雍正非常生气。按照正常程序，军事国事的决定，首先要经过台河以外的内阁讨论，然后再提出初步意见，有时需要由政治委员会通过。最后，内阁大臣可以报告雍正圣事，程序繁琐，效率低下，还有泄露军事情报和机密的隐患。
奋发有为的雍正帝决意适时进行改革调整。经过深思熟虑，他决定在宗龙门养心殿外成立一个特殊的军事组织，这是暂时的。临时军事机构的参与，没有专门的职称和职等，是原有职位和额外需要加班的基础。虽然不是一个便士，但还是有一个更多的力量，它一定是永正的绝对核心。结果，战争结束后，雍正发现临时代办特别高效，最重要的是要完全维护皇权统治。
非常有必要继续存在，而代之以一个固定的常设机构。雍正十年时，皇帝亲自赐名“办理军机处”。到目前为止，它已正式成为国家军事和政治制度的核心，并开始在中国历史上呼唤风雨。在乾隆时期，为了满足形式的需要，军机部门进一步改组和重新建立。此后，它成为满清王朝的中央权力机关，发挥着越来越重要的作用。一直到了清末的1911年时，才被宣统皇帝撤销，整整存续了170多年。
军机部虽然只是一个小办公室，而且很多时候只扮演皇帝的秘书处，每个军机部也都兼任秘书。可是，能进入这里的人都是当朝皇帝绝对的嫡系和心腹，雍正、乾隆、嘉庆等历朝都是如此。事实上，满清入关之后，还沿用着之前的“议政王制度”。所有的军事事务都需要皇帝召集大臣们讨论决定。这些大臣们有很大的权力，在某种程度上几乎可以否决皇帝的决定。虽然它似乎更民主，但也导致许多政策无法及时实施，争吵和束缚现象危及封建集权化。
雍正上台后，早已领教了“九子夺嫡”的残酷，认识到集权的必要性和重要性。结果，他从内心深处非常抗拒这次会议，甚至不喜欢内阁。建立军用飞机部门的目的是建立政治会议和内阁，实现“一个字一个”的最终目标，巩固帝国统治。由于军机部门直接由皇帝本人领导，因此遗嘱制定，命令根据皇帝的意愿下达。因此，军用飞机办公室的地位越来越突出，早些时候，内阁被允许在宣读后发布正式文件和命令。
后来，为了提高行政效率，军机部简单地超越了内阁的直接命令，逐步取代了内阁的职能。它使内阁徒劳，完全服从自己，完全服从皇帝。这样，清朝的历史就不可能永远延续下去，“军机大臣”开始出现。在一次飞跃中，它超越了以往的“内阁大臣”，成为内阁大臣的最终目标。