古代日本的个子确实不高，据日本相关资料统计，在日本的昭和时期，日本人的平均身高不到165，其中女子比男子又矮了不少。从中可以看出，虽然日本古代没统计过身高问题，但是身高绝对不会比明治维新后的水平高，因为身高和基因、营养、运动等都有很大的关系。其中营养里的蛋白质对身高发展影响很大，日本古代以稻米这样的碳水食物为主食，这是缺乏蛋白质摄入的，所以身高自然不会高。下面我将从以下几个方面阐述这个问题。
日本矮个武士
地理环境
从现在的地图上就可以看出，日本是个典型的海岛国家，地形是大部分地区都是山地，在沿海地区有少部分平原，森林众多。另一方面，日本还处于亚欧板块和太平洋板块的交界地带，因此地震比较频繁，自然灾害较多，这对日本的食物种植也产生了一定影响。在明治维新以前，日本的人口并不多，且日本地形中能够直接耕作的土地也是有限的，这样的环境下，大部分日本人还以种田为生。少部分靠近海边的人以打鱼为生。
古代的日本人因此还是主要以种植的稻米为主要食物，且古代的农田亩产量有限，粮食收获除了一部分自己吃外，大部分还是要上交给地主或者封建领主的。所以古代占人口绝大部分的农民，很多还是过着温饱都不能保证的生活，连饭都吃不饱，更不要谈肉、牛奶等对蛋白质摄入非常重要的食物了。
在古代的日本即使是有钱人也不见得能够时常吃肉，因为地方有限，资源有限，很少有人能养得起鸡、鸭、猪等畜生的，卖的也少，很多都是直接上供给王室贵族的，所以日本有钱人也只是过年过节的时候偶尔吃一下。
古代的日本大多地区都处于诸侯割据的状态，时常各个诸侯国之间会爆发战争，这时就会强征百姓入伍或者征收军粮，老百姓的日子就过得更苦了，连饭也吃不上。遇到疾病也是束手无策，他们普遍寿命也不高，身高就更不用说了，没有人会关心这个问题的，生存对于古代的日本百姓来说是第一位的。
日本人身高对比图
饮食习惯
我们知道身高是和多种因素有关的，其中比较重要的一条就是饮食。西方国家的人口身高普遍较高和他们的饮食有着很大关系的，因为他们普通喜欢喝牛奶以及吃肉，这些都是身高发育所必须蛋白质的重要来源。
古代的日本是没有这样的条件和习惯的，因为上面说了此时的日本大部分人还是农民，普遍以种田为生，种的就是水稻，收获稻米，主食就是稻米这样的碳水食物。至于沿海居民有部分人是从事打渔的，虽然能够收获鱼获，但是却不是自己吃，而是大部分拿到市场上卖掉换取粮食等物品，所以即使是渔民也是以稻米为主食的，最多加些自己腌制的鱼干拌饭吃。
二战日军士兵身高图
以上种种都说明了古代的日本不管从食物还是环境都不能获取充足的蛋白质，而这是提升身高很重要的营养物质，所以日本古人都很矮。直到近代以来日本才了解到身高的秘密，才开始改善国民的饮食。现在日本基本的平均身高和中国的平均身高差不多了。