1630年9月，袁崇焕被凌迟处死。1644年3月，崇祯吊死于煤山，明朝宣告灭亡。此时，距袁崇焕被处死已过去14年，距袁崇焕矫诏杀毛文龙已15年。
崇祯处死袁崇焕，事先经过刑部、都察院、大理寺三法司联合会审，给出的其中一项罪名是：擅杀毛文龙。这项罪名似乎在告诉人们，毛文龙不应该被杀。
但诡异的是，袁崇焕处死14年里，崇祯一直没有给毛文龙平反。既然是被矫诏擅杀的，为何不为他恢复名誉?或者，让他的后人继承爵位和待遇……
1、毛文龙被归为魏党一派
袁崇焕杀毛文龙前，曾公布“十二该杀”之罪，其中第10项罪名是：“辇金京师，拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中。”用车拉着黄金到京城，送给魏忠贤并拜其为父，在皮岛上给魏忠贤立有加冕冠的塑像。通过这个表述，可知袁崇焕把毛文龙归为魏党。
崇祯上台后，第一件事是诛杀魏党。无论是谁，戴上魏党帽子就完蛋了。但当初魏党气焰正旺，东林党被打得七零八落时，跑到魏忠贤门上认爹的认爹、拜师的拜师也是一种时尚。袁崇焕也没免俗，同样给魏忠贤立过生祠。那么，毛文龙立过塑像就能归于魏党?其实，还有其他原因。
2、毛文龙一直受党争夹板气
毛文龙起家于辽东募兵，收纳逃散兵勇和难民，凑足98人夺岛并扎稳脚跟。力主他募兵、建立根据地的正是时任登莱巡抚王化贞。此人本属东林党，后来投靠魏党，成为东林叛徒，最终因广宁惨败被崇祯处死，身败名裂。王化贞还与熊廷弼之死有关，而熊廷弼是坚定的东林党人。
毛文龙起家的恩主是魏党，此人间接害死熊廷弼，这个账早晚要算的。后来毛文龙因功获封并得到大量军饷，又与登莱巡抚袁可立大有关系。袁可立本属中间派，引发了魏党和东林党人争夺，两派阵营都拿毛文龙说事。看来，两党都没把毛文龙视为自家人，毛文龙只好受党争的夹板气。
3、袁崇焕具有东林党属性
袁崇焕尽管给魏忠贤立过生祠，但骨子具有东林党属性，这多少与他的恩主孙承宗有关。孙承宗虽然没有陷入党争，可一直敌视魏党，还被传言过要诛魏“清君侧”。袁崇祯被判处凌迟，自然少不了魏党残余势力的推力，也可以理解为是魏党对孙承宗仇恨的转移和替代。
袁崇焕擅杀毛文龙，还与一个人有关：钱龙锡。此人是坚定的东林党人，在万历年间曾被魏党弹劾而革职回乡。崇祯上台后首先起用钱龙锡，主要工作就是负责审理魏党案。袁崇焕被崇祯重新起用，一番平台召对结束后，钱龙锡私下力主袁崇焕杀掉毛文龙。说到底，仍是党争的延续。
4、毛文龙没被平反的原因揭晓
毛文龙被袁崇焕矫诏杀死，除“十二该杀”之罪外，最重要的原因就是党争。魏党已被铲除，东林党人怎能容忍恩主是魏党的毛文龙?王化贞虽死，再用毛文龙祭奠一下熊廷弼不也挺好?何况他更涉及党争中关于袁可立的是是非非……
袁崇焕被处死，燃爆点与毛文龙之死有关。袁崇焕死后的14年里，东林党一家独大，左右朝政，他们怎么可能促成为毛文龙平反呢?也许，袁崇焕在魏党残余势力推动下被凌迟，这个账东林党人还没清算哪。
毛文龙和袁崇焕之死，都是魏党和东林党的党争产物。加上崇祯在袁崇焕死后执政的14年里，一副焦头烂额的模样，真没时间去给有着莫大争议的毛文龙一个说法。也许在他眼里，毛文龙虽被擅杀，但与魏党脱不了干系，也应被杀。在这一点上，崇祯不如乾隆明白——成书于乾隆年间的《明史》中，对于毛文龙之死，结论是“妄杀”，也就是滥杀无辜。
清初时，毛文龙庶子毛继斗受投降清廷的毛文龙旧将邀请，计划让他出任清廷要职。毛承斗坚拒不受，并说''惧违先将军志也''，我担心违背故去的先人毛文龙将军抗清的心愿和遗志。
而早在毛文龙被斩杀的8年前，他在鞍山的亲属100多人，均死于后金军之手。皮岛之上，毛文龙随从军吏和将领多数姓毛，毛文龙解释：“此皆予孙”，这些人都是我的孙子……
毛继斗是毛文龙庶子，非正室所生，想必嫡子嫡孙都被后金灭门了。这些“此皆予孙”之人，想通过毛继斗来反哺一下时，才发现虽非嫡子，但毛继斗的志向一如毛文龙，气节如山，坚不可摧。