1644年，明朝灭亡。满清入关后，经过长达二十多年的征伐，终于在康熙年间灭亡了南明王朝，基本统一了中国大陆。对于此时的清帝国来说，如何治理这个庞大的中国成了当务之急。清朝本来只是关外游牧民族，所以清朝统治者只能以明朝制度作为参照物，并加以革新、改良、升级，打造出了清帝国的一系列制度。
为了可以有效的控制地方，清朝统治者在地方管理上，采取了双重管理模式：设总督的同时，设立巡抚。巡抚，在明朝只是一个临时职务，“巡抚”本身是个动词，作为钦差大臣出外办事的一个头衔，全称“巡抚某地等处地方提督军务兼理粮饷”，出完公差要回京复命，并不是常设的地方官职务。
从明朝景泰年间开始，巡抚开始逐步地方化和常设化，成化22年，明朝废止了巡抚赴京议事的规定，等于间接承认巡抚的地方化。而清朝则正式把巡抚地方化，作为一省最高军政民政长官，以“巡行天下，抚军安民”而名，属于封疆大吏。晚清名臣中，左宗棠、李鸿章、张之洞、沈葆桢、刘铭传等，都做过巡抚，曾国藩也曾差点当上湖北巡抚。
按照清制，巡抚为从二品，与布政使同级。不过令人不解的是，唯有山东巡抚是正二品，比其他各省巡抚都高出一个级别，与总督平起平坐，全国仅此一例。这是咋回事?
在清朝，有两个地方的总督最为重要：直隶总督、两江总督。直隶总督坐镇京畿之地，而两江总督则管着大清朝的“钱袋子”，而直隶和两江之间，便是山东。山东比较特殊，不管是直隶或是两江，都管不了山东(清初，直隶总督管过山东几年)，但是山东也没有单设总督，最高长官就是巡抚。山东巡抚为什么比其他省的巡抚级别高?看看山东巡抚要干的事吧!
1440年，明朝设立了山东巡抚一职，全称：“巡抚山东等处地方督理营田兼管河道提督军务”。职责有巡抚地方、督理营田、兼管河道、提督军务!1644年清朝入主中原后，仍然效仿明朝制度，设立了山东巡抚一职，全称：“巡抚山东等处地方提督军务、粮饷兼理营田”，除了负责筹集军饷、安抚百姓、考核官员、盐务漕运等事务外，还要负责练兵。
到了咸丰五年，黄河改道山东，朝廷又让山东巡抚承担起河道事务，这原本是山东河道总督的职权;山东还有非常优良的港口，靠近京畿腹地，守护着直隶地区的安全，山东巡抚还必须处理好海防问题。瞧瞧，山东巡抚干了多少活!
直隶地区的南方是中原汉地、西北是蒙古、东北是满清龙兴之地，地位特别重要，所以直隶总督直接负责京师的安全。而两江总督则管着朝廷的钱袋子。某种角度上讲，清朝只要控制了管安全的直隶总督，和管钱粮的两江总督，清朝的天就塌不下来。但是，清朝要将两江地区的钱粮运送到京师，不管是走京杭大运河，还是走陆路，或是走海路，都要经过山东巡抚的辖区。
也就是说，如果山东出了幺蛾子，京城里的皇帝就要饿肚子。所以，夹在直隶和两江之间的山东，就成了直接影响到清朝安全的战略要地。正是因为山东巡抚要承担许多重要职权，所以清朝前期，这个职位基本是满蒙出身的官员来做。从顺治到嘉庆之间五个皇帝，山东巡抚有75个，其中55人是满蒙贵族。直到咸丰以后，山东巡抚中汉人官员数量才占据多数。
官场都知道，山东巡抚其实就相当于山东总督，不挂名而已。最有名的山东巡抚有两个：一是丁宝桢，他发明了举世闻名的“宫保鸡丁”这道菜，还强杀了慈禧太后的亲信太监安德海。第二个名声更响亮——袁世凯，正是老袁一手终结了清朝统治。
(参考资料：《明史》、《清史稿》等)