清朝时期，发生了很多大事，杀鳌拜，平三藩等等。但是最让朝廷头疼的，还是准格尔的葛尔旦。1688年，葛尔丹奋起3万骑兵，进攻了喀尔喀，一举将整个喀尔喀地区收入囊中。
喀尔喀的首领率10万余众向南逃去，请求康熙大帝的帮助。1690年，康熙的清王朝和葛尔丹的准噶尔正式开战。
后来的准噶尔被清朝军队打得落花流水，葛尔丹兵败自杀。但准噶尔汗国并未从此陨落。葛尔丹死后，准噶尔在沙皇俄国的支持下，多次南下，袭扰大清。
这种情况一直持续到1757年，也就是乾隆时期才得以彻底地解决。自康熙统治的公元1690年到乾隆时期的公元1757年，前后历时67年，清王朝才彻底消灭了准噶尔，接手了新疆。
而到了清朝末年，左宗棠只用了不到两年就收复了阿古柏统治下的新疆。为什么两者的差距这么大呢?总的来说有以下两点：
第1、 阿古柏和准噶尔比，太弱了。阿古柏只是一个趁乱发财的投机分子，出身并不大富大贵的他，当时的中国西部局势不稳，就寻求了外国势力的帮助，趁机统治了新疆。而准噶尔就不同了，它统治西域多年，根深蒂固，鼎盛时期占领的土地多达700多万平方公里。
第2、 阿古柏不得人心。前面已经说过，准噶尔统治这里多年，而且之前从未臣服过，他们不仅拥有地理上的优势，更是拥有当地百姓的支持。而阿古柏这个投机分子刚一得势就滥杀无辜，施展暴政，他统治新疆不过才几年，而清朝已经在这里用心经营了100多年。
当地的百姓都希望清朝的军队能把他们从阿古柏的魔爪下拯救出来。而到了左宗棠时期，清朝那时刚刚平了洪秀全之乱，给他的军队装备了大批最新的火炮和火器。相比之下，阿古柏就很寒碜了。
而且当初左宗棠是抱着要和沙俄开战的准备去新疆的，如果不是李鸿章不同意，左宗棠能和沙俄打起来。区区一个阿古柏，自然不是什么很艰难的事情。所以，其实这是实力上的悬殊导致的，葛尔旦放到左宗棠时期，我想也不是一个好啃的骨头吧。