实际上，清初的重点地区并不是西北，而是内地，尤其是江南地区。因为江南是国家的财赋重地，所以江南地区的稳定对于清朝来说至关重要。
再者，清朝和历朝历代一样都是一个以种植业为主的农业大国，所以关内的农业生产对于清朝来说，重要性不亚于开疆拓土。同时，清帝国治下人口最多的族群是汉族，所以这就由不得清朝不重视内地。对于西北地区，虽然算不上漠不关心，但是重视程度依然是不够的。
但是什么原因导致清朝必须要灭亡准噶尔?准确点说，是准噶尔的崛起威胁到了清朝自身的统治。
准噶尔是卫拉特四部之一，明末清初之际，准噶尔快速崛起，虽然也向清帝国朝贡，但是已显露出不臣之心，甚至称呼清朝为红缨蒙古。只不过此时清帝国和准噶尔汗国之间隔着一个喀尔喀，而且清初清朝的重点是稳定国内的社会秩序、恢复经济生产而无暇他顾。直到葛尔丹开始攻伐蒙古各部之后，令清帝国感受到了准噶尔的威胁。
因为准噶尔汗国是蒙古复兴最后的希望，而且打着黄教活佛的旗号征服蒙古各部，以黄教的影响力会降低蒙古各部的抵抗情绪，方便葛尔丹的征服活动。再者，喀尔喀三部被准噶尔打的狼奔豕突，大有统一蒙古的架势。而以草原脆弱的生产力，准噶尔必然会继续侵扰内地，甚至有取而代之的野心，这是为清朝不容的。
另外，当时被葛尔丹打趴下的蒙古王爷们一个个全跑到北京求康熙主持公道。当时喀尔喀尚未被清帝国纳入版图，喀尔喀三部属于清帝国的附属，只不过是认清朝当大哥而已。对于康熙来说，如果任由小弟被人欺负，将来还怎么在江湖上混?还怎么出去砍人?所以军事对抗在所难免。
乌兰布通之战之战，拉开了清帝国同准噶尔数十年战争的序幕，此役以清军胜利、葛尔丹连夜撤退结束。但是康熙年间，由于清帝国尚未达到全盛，国力无法支持清帝国发动大规模远征，同时康熙年间国内自然灾害频发，由不得康熙去开疆拓土，此时国内的稳定对康熙来说是最重要的。
康熙作为传统君主的佼佼者，其最大的功劳就是能够妥善应对自然灾害。因为康熙年间自然灾害频繁，仅8级以上的大地震就有三次，但是康熙处变不惊，能够妥善安排赈灾事宜，所以曾有人感叹是自然灾害成就了康熙。虽然康熙没有征服准噶尔，但是康熙仍然借着这个机会把喀尔喀纳入版图，也是一次开疆拓土。
雍正年间，由于将领指挥失误使得清军在和通泊惨败，部队损失惨重，这一时期清朝不得不采取守势。如果和通泊之战清军胜利，清军也可能会继续在中亚开疆拓土。历史到了乾隆年间，得益于一系列政策的红利，清帝国在乾隆年间达到了全盛，国库存银长期维持在六千万两的水平，所以乾隆有底气去砍人。因为准噶尔一日不灭，清帝国的西北边境就处于准噶尔的威胁之下，为了边境的稳定以及国土安全，清帝国最好的选择就是彻底灭亡准噶尔，这样才会一劳永逸的解决西北安全问题。
经过一系列战役，准噶尔汗国终于被清帝国灭亡，清帝国在西北方向的威胁彻底消失。在乾隆平定大小和卓之乱后，乾隆在新政府的天山南北设置伊犁将军府，负责天山南北的军政事务，彻底将新疆地区纳入版图。