以《苏州府志》等史料的记载，《明史》里沈家资助朱元璋修城墙这事，真实历史上也确实有，不过是沈万三的几个儿子做的，也并没有像《明史》里说的那样马屁拍马腿，相反令朱元璋心花怒放，还将沈家几个儿子都封了高官，一度是明初江南炙手可热的商业家族。
有关沈万三的传说，不仅民众世代口耳相传，而且在明清文人的笔记文集，甚至我们一直视为权威的正史中都有种种关于他的描述。《明史》是这样写的：“吴兴富民沈秀者(沈万三)，助筑都城三之一，又请犒军。帝怒曰：‘匹夫犒天子军，乱民也，宜诛。’后谏曰：‘妾闻法者，诛不法也，非以诛不祥。民富敌国，民自不祥。不祥之民，天将灾之，陛下何诛焉?’乃释秀，戍云南。”
想当年，他帮朱元璋修筑了南京城，可以说他是最大的功臣。后来，他还毛遂自荐的为朱元璋出资犒赏三军，但是这时候他却触及到了朱元璋的逆鳞，以为沈万三在向他炫富，同时他还以为沈万三有谋反之心，于是朱元璋准备将他斩首示众，但幸运的是他在马皇后的求情之下才免于一死。
沈万三这种在明朝靠自己双手自食其力的平民财神，而且做事又如此张扬，再加上朱元璋又是一个极度仇富的人，最终还是没有逃过被杀的命运。其实沈万三本来可以不用死，只不过在这场权与钱的斗争中，沈万三的愿望使这本场本该保持的天平给严重倾斜了，所以他的死是注定的。
不过，他的后人因为洪武二十六年的蓝玉“谋反案”而牵连。同时，沈万三的女婿陆和仲因为被扣上“胡党”的罪名而满门抄斩。