1.明朝的内阁有“票拟”的权力，而清朝的军机处则没有。下面解释一下什么是“票拟”：全国大大小小的奏章，甚至老百姓给皇帝提出的建议，都由通政使司汇总，司礼监呈报皇帝过目，再交到内阁，内阁负责草拟处理意见，再由司礼监把意见呈报皇上批准，最后由六科校对下发。内阁大臣的建议是写在一张纸上，贴在奏章上面，这叫做“票拟”。而皇帝用红字做批示，称为“批红”。按照规定，皇帝仅仅批写几本，大多数的“批红”由司礼监的太监按照皇帝的意思代笔。以往，按大明祖制，太监读书识字是被严令禁止的。大明宣宗不仅改了这个规矩，而且在他的鼓励下，宫里还成立了专门的太监学堂。后人猜测：明宣宗这一做法，其目的就是让太监牵制内阁的权力。这样明朝的内阁拥有议政权和一半的决策大权，也就是说明朝的内阁有一半的签字大权(另一半名义上属皇帝)，如果内阁的操控着——首辅和司礼监的主管者——秉笔和掌玺太监关系密切，就有可能形成内阁专权的局面。如：万历帝的“批红”是在司礼监冯保指导下完成，而冯保跟张居正关系密切。就这样，大臣的“奏章”，阁臣的“票拟”，皇帝的 “批红”，由内阁首辅张居正一手操控，达到空前一致。这就严重削弱了皇权。而清朝的军机处只有议政权和笔录的权力，没有任何决策权，完全是皇帝的秘书班子和咨询机构。军机处之职掌主要是：掌书谕旨，参赞军国机务，参议重要政务及刑狱;用兵时则考其山川道里、兵马钱粮之数，以备顾问;文武官员的简放、换防、引见、记名、赐与，以及拟定对外藩朝觐者的颁赐等。
2、明朝的内阁大臣都是专职官员，没有固定的数额，也没有固定的任期，一半由翰林出身的文官担任，易于形成朋党，这就为其专权提供了可能。清朝军机处的军机大臣和军机章京都不是固定官职而是兼职，如：乾隆年间的和珅，他的本职是户部尚书，其兼职是军机大臣，皇帝喜欢你发现你听话，你就入职军机处;不喜欢了发现你不是很听话，你就出去干你的尚书。这就进一步避免了军机处削弱皇权。
3、明朝宣德以后把“批红”的签字决策大权交给了司礼监，这种做法一方面牵制内阁的权力，让宦官和文官相互争斗最后皇帝收渔翁之利。但另一方面皇帝也交出了实际的决策权，而且会有内阁和司礼监相互勾结彻底架空皇帝的可能，(当然这两种群体不是一类人，勾结的可能性不大，但不等于没有)。而清朝的历代皇帝都严禁宦官参议朝政(慈禧非男人也非皇帝)，始终把决策大权牢牢掌握在自己手中，军机处没有任何机会取得外援从而参与决策。
4、站在雍正皇帝的角度上思考该问题。洪武帝设立殿阁大学士和永乐帝设立内阁的初衷本来是想建立帮助自己强化皇权的秘书班子，结果事与愿违，后来却严重削弱了皇权，所以雍正绝不会照搬明朝的内阁制;至于清代前期满族上层贵族参预处理国政的议政王大臣会议制度，本身就是专制皇权的障碍，以雍正的性格绝对弃之不用;至于朱元璋废掉的宰相制度，也不可能昔日重来。但雍正一个人的精力有限又想总揽全国大权，为此就必须建立一个真正的而且是永不变质的秘书班子和咨询机构，以达到其心中的理想“永远帮我干活，但不会分享我的权力”。于是军机处诞生了。