在我们的传统印象中，清军入关似乎是吴三桂一手所致，正是因为他的“冲冠一怒为红颜”，才有了此后清朝的三百年江山。事实上，在此之前清军已经先后六次杀入关内，而以明末的局势来讲，即使吴三桂死守山海关，或许只会改变清军入关的路线，而根本无法阻止清军入关。
清朝吞并整个漠南地区后，已开始全面威胁中原地区
在大家的印象中，起源于东北的后金，似乎只是从东北方向对关内形成威胁，因而只要守住山海关，清军便无法进入关内。事实上这个局面早已改变，随着后金东进，漠南彻底沦陷，清朝已经开始从北方全面威胁中原地区。
早在努尔哈赤时期，在宁锦、山海关防线难以攻破的情况下，后金便已经开始积极向西扩张，在他的联姻攻势下，蒙古科尔沁、扎鲁特等部便已经归附后金，而土默特、喀喇沁、兀良哈等部则因为与库图克图汗(林丹汗)的矛盾，为了避免遭到报复，随后也归附后金。
皇太极继位后，东部蒙古各部已经大多归附清朝，因而开始对势力主要集中于漠南地区的库图克图汗进行打击。明崇祯元年(1628年)，皇太极派遣贝勒阿济格与喀喇沁部会盟，与东部蒙古各部共约讨伐库图克图汗。
同年九月，皇太极亲率大军西征，察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等蒙古各部纷纷率兵前来会盟，此时的库图克图汗空有大汗之名，却已经陷入了孤立无援的境地，面对清军和蒙古联军，只能被迫退出西拉木伦河流域，至归化城(今呼和浩特)固守。
明崇祯五年(1632年)4月，皇太极再度亲率大军西征，会同蒙古各部再度攻打库图克图汗，眼看清军势大，库图克图汗不得不放弃归化城继续向西逃窜。然而，在大势已去的情况下，部众逃散十之七八，库图克图汗逃奔青海两年后在青海打草滩病逝。
清军已从东北和北面对中原地区构成威胁
明崇祯八年(1635年)， 清廷再度派多尔衮、岳托等人率兵西进，招降了库图克图汗剩余的部众，孛儿只斤·额尔孔果洛额哲献传国玉玺出降，大蒙古国汗位至此彻底断绝，漠南蒙古完全落入后金手中，清朝至此从东北和整个北方对大明中原地区形成威胁。
吴三桂投降之前，清军已先后六次入关
由于东部蒙古和漠南蒙古的纷纷沦陷，清军其实已经完全不必从山海关入关。事实也是如此，在吴三桂放清军入关之前，清军已经先后六次从北部杀入关内，且情况一次比一次严峻。
第一次：己巳之变。崇祯二年(1629年)四月，皇太极率军(对外号称十万)，避开宁远、锦州防线，兵分三路从龙井关、洪山口、大安口突入关内，攻占遵化，直逼京城。明廷急令各路兵马入京勤王，袁崇焕统率各路援军，阻清军于广渠、德胜等门外。京师之围稍解，袁崇焕便被崇祯下了大狱，结果祖大寿率军还师宁远，皇太极又趁机夜袭卢沟桥，斩明军副总兵申甫以下约7000人，继而击败明援军4万于永定门外，明总兵满桂，孙祖寿战死。崇祯三年(1630年)初，皇太极眼看无便宜可占，遂向东连克数城，这才率主力返回沈阳。
第二次。崇祯七年(1634年)七月，皇太极在第二次西征察哈尔班师途中，以明朝边将“扰其境、杀其民、匿逃人”为由，率兵侵入上方堡，进围宣府。清军攻城，守军以大炮猛烈反击，清军被迫退走应州，兵掠大同，攻陷得胜堡。京师震动，连忙诏令总兵陈洪范驻守居庸关，巡抚丁魁楚驻守紫荆关、雁门关，就连已经在河南包围了高迎祥、李自成、张献忠等人的曹文诏也被调往大同，虽然最终迫使清军退出了关外，但农民军却也趁此机会得以突围。
第三次。崇祯八年(1635年)，清军在迫使库图克图汗(林丹汗)之子投降的同时，率军在太原府所属的忻州、定襄、五台等州大肆劫掠一番，这才率军东归。
第四次：丙子虏变。崇祯九年(1636年)五月，皇太极派多罗武英郡王阿济格等统八旗兵十万，兵分三路从喜峰口、独石口入关，巡关御史王肇坤率兵抵抗，结果兵败身死，明军被迫退守昌平，清军直逼居庸关、昌平北路。大同总兵王朴驰援，杀敌一千一百零四人，俘获一百四十三人。七月，清军杀入京畿，攻陷昌平、良乡，继而围攻顺义，顺义知县上官荩、游击将军治国器和都指挥苏时雨据城死守，城池陷落后三人均殉国。此后，清军又先后攻陷宝坻(今属天津)、定兴、安肃(今河北徐水)、大城、雄县、安州等近畿州县。
第五次：戊寅虏变。崇祯十一年(1638年)，清军以多尔衮、岳托为主将，绕道蒙古，从墙子岭、青山口突破长城要塞，斩杀明蓟辽总督吴阿衡。崇祯急忙诏令总督宣、大、山西军务的卢象升，统率宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、山西总兵虎大威等入卫京师，结果卢象升力战而亡。时高起潜拥关、宁重兵近在五十里外的鸡泽，却拒不赴援，听闻卢象升兵败身死后，又率军东逃二十里，结果遭遇伏击大溃，仅只身逃逸。自请督察军情的首辅刘宇亮到了保定，听闻前线战败后也仓皇退入晋州，而清军则乘胜长驱直入，先后攻陷昌平、宝坻、平谷等地，京师震动，崇祯帝又连忙下诏徵总督洪承畴率军入卫，陕西巡抚孙传庭为兵部侍郎率援军同行。清军这次入侵连败明军57阵，攻克山东济南府、3州、55县、2关，杀明总兵两名、守备以上将吏百余人，俘获人、畜共462300余，获黄金4037两、白银977460两，活捉德王朱由枢、郡王、奉国将军朱慈赏、监军太监冯允许等。直到次年二月，清军这才出青山口返回盛京。
第六次。崇祯十五年(1642年)四月，清廷以阿巴泰为奉命大将军，从黄崖关杀入蓟州，总兵白广恩领兵拒敌，阵斩清军三等轻车都尉斋萨穆、参领五达纳、佐领绰克托、额贝、护军校浑达禅、骑都尉额尔济赫等。然而，清军却长驱南下，至山东兖州，杀鲁王朱以派及乐陵、阳信、东原、安丘、滋阳诸郡王、官吏等数千人，先后攻克三府、十八州、六十七县，获黄金二千二百五十两、白金二百二十万五千二百七十两，俘百姓三十六万九千口及牛马衣服等物。回军时又攻打河北沧州、天津、三河、密云等地，直到次年五月，清军才退军回师。
如上所述，虽然此时山海关尚未丢失，但由于清廷向蒙古逐步渗透，已经可以随时绕道蒙古入关，明廷已经是防不胜防。
明末瘟疫横行十余年，九边重镇已无力抵抗
弘治年间，明廷为了加强北部防线，曾在东起鸭绿江、西抵嘉峪关，绵延万里的北部边防线上相继设立了辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、太原镇(也称山西镇或三关镇)、延绥镇(也称榆林镇)、宁夏镇、固原镇(也称陕西镇)、甘肃镇等九个边防重镇，史称“九边重镇”。
在明末卫所制全面崩溃的情况下，除辽东镇外的其余八个重镇已经是明廷最后的战斗力保障(后金崛起后辽东镇已丧失作用)，尤其是在整个漠南已经被清廷占领的情况下，想要阻止清军入关，除了固守山海关之外，还必须以八个边镇为核心加强整个北部防线，然而明末的这场大瘟疫，却直接摧毁了明朝的北部防线。
早在万历八年(1580年)，大同、太原等地便曾爆发过一次规模巨大的瘟疫，史料记载“大同瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者”。
而到了崇祯六年(1633年)，山西再度爆发瘟疫(鼠疫)，而由于百姓们逃难，瘟疫开始迅速向周围地区扩散。崇祯九年(1636年)至崇祯十年(1637年)，蔓延至陕西榆林府、延安府;崇祯十三年(1640年)，蔓延至河北顺德府、河间府和大名府;崇祯十四年(1641年)七月，蔓延至京师地区;崇祯十五年(1642年)，蔓延至天津。同时，鼠疫于崇祯十七年(1644年)春开始由腺鼠疫转换为肺鼠疫。
关于这场瘟疫造成的死亡人数，目前尚无准确记载，但《崇祯实录》却记载“京师大疫，死亡日以万计”，“病者吐血如西瓜水立死。死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者”，可见当时瘟疫的严重程度，而根据史学家的推测，万历和崇祯年间的两次大瘟疫，至少造成了陕、晋、冀上千万人的死亡，仅北京的死亡人数便高达20万以上。
这场瘟疫不仅造成了大量百姓的死亡，而且更是直接摧毁了明军的战斗力，尤其是九边重镇中的大同、山西、蓟州、宣府等镇直接被摧毁。当李自成从西安发兵攻向京城之时，一路上几乎没有遇到像样的抵抗，很容易便杀到了北京城下。
明朝京师也是一样，瘟疫之前驻守京师的军队至少有十万，而瘟疫过后便只剩下了五万多人，以至于闯军杀至城下时，守城将领即使低声下气求人守城，仍然是“逾五六日尚未集”，最后连三四千宫中太监都上了城墙。而即使如此，城墙上平均五个城垛才有一个士兵，瘟疫中的守城明军“鸠形鹄面，充数而已”。
这种情况下，明廷的北部防线已经是形同虚设，而李自成灭亡明朝之后，也没有对北部边防进行加强，已经被瘟疫摧毁的北部防线，又如何抵挡清军入关。
综上所述，就算吴三桂没有“冲冠一怒为红颜”，放清军从山海关入关，无论是明廷还是李自成，都无法抵挡清军入关，唯一能改变的，也仅仅是清军入关的时间和路线罢了。