当年南明朝廷一种有两种党派，一种是主战派，一种是求和派，而左懋第则是主战派，因为他认为只有南明不惧怕各种压力，主动迎战清朝八旗队伍，就能获得主动权，可以为日后的谈和创造条件，因为南明一直都处于被动状态。
可是南明皇帝目光短浅，在加上朝廷大臣贪生怕死，所以他们没有采取左懋第的建议，主动去请和，这样一来，清朝便占据了主动优势，而当时的清朝又是多尔衮这位摄政王主持大局，而左懋第也被南明派去跟多尔衮谈判。
多尔衮面对左懋第的到来，丝毫没有表现出应有的礼数，反而是让舟车劳顿的左懋第住进四夷馆，要知道这个四夷馆在明朝是用来招待藩属国使臣的地方，而多尔衮这一举动，无异是在贬低这位南明的使者，所以左懋第非常的生气，将清朝这群野蛮人给骂了，于是清朝将他转移到了鸿胪寺。
在谈判过程总，多尔衮的表现很是冷漠，十多天了都没有亲自去见左懋第，反而是派大学士去跟他谈判，因为谈判不顺利，所以双方进行了争吵，多尔衮的意思其实是希望让左懋第成为降将，为清朝做事。
见劝服行不通，多尔衮便威逼利诱，若是他不从，就杀了其他五名使者，令清朝没有想到的是，南明的这些人都非常有骨气，就算是死也不会投降的，多尔衮大怒，将他们纷纷押往菜市场斩立决。
临刑前，多尔衮还命人传召说若是他投降便可以放过他，还会封他为王侯将相，听了这话，左懋第嗤之以鼻，在刑场上大喊了一句，宁为南鬼，不为北王，当时的刽子手被他的这份忠义感动哭了，临刑前为了表示自己的尊重向他下跪磕头，在行刑官催促下，无奈将这位忠臣良将砍杀。
当时的百姓们也都为他哭泣送行，毕竟那时候的百姓心里想的自己还是明朝人，清朝虽然统治了他们，却没有统治他们的心。