很多人说太平天国的内斗是自从萧朝贵冯云山死后才注定的，其实即便萧朝贵冯云山在世也是一样，这件事怎么看出来的呢?其实从当年杨秀清金田起义之前的一次生病就可以看出。
《天情道理书》记载：“追庚戌四月间，东王一旦忽又口哑耳聋，耳孔出浓(脓)，眼内流水，苦楚殆甚;一则因代弟妹赎病之劳，二则乃天父默中使成。杨秀清病重，萧朝贵开始代理“首辅”之职，执掌上帝会的教务、教权，这也是他超越杨秀清的一次大好时机，萧、杨争斗的暗流随之涌现。
萧朝贵主政期间，为打击、控制杨秀清采取了三种手段：
一是直接命令。道光三十年(1850)八月初一日，萧朝贵在平南鹏化山约杨秀清战妖完毕，直接对其下令：“四哥，尔先回去。小弟现停几日，制服这处妖魔先，然后归也。”杨秀清奉天兄之命由鹏隘山至鹏化山战妖，然后又奉萧朝贵之命先行返回，可见萧朝贵已经能够直接命令、控制杨秀清的行动。
二是诋毁中伤。杨秀清病重期间，上帝会内“未识皇上帝之圣心，皆私议东王几成病废，以致有不知尊敬东王，反为裹读东王”，杨秀清声名大损。这种舆论导向只能是萧朝贵所为，而这种舆论也只有在萧朝贵的默许下才有生存的空间。
三是孤立压制。八月二十日，杨秀清病重期间，韦昌辉奉洪秀全之命欲接杨去花洲养病，天兄立即拒绝，接着“韦正又求天兄差清兄去金田安福，又求入蓝厂安福”，萧朝贵总以“不去得’夕、“总不去得”、“总不妨”等话拒不放人。很明显，萧朝贵拒绝杨秀清脱离自己的主要原因就是为了孤立和控制杨秀清，杜绝杨秀清与洪秀全、冯云山及地方实力派联合，同时确保金田作为上帝会大本营和指挥中枢的地位。
萧朝贵在拒绝放人后，预感到自己的首辅地位并不稳固，而自己手中的权力或许迟早要交还给还在病中的杨秀清。他代天兄传言给韦昌辉：“联这今倘或三两月下一回也不定。有事尔同尔妹夫商量理酌，切不好界人看小尔三星兄江山。联所吩咐说话，尔切要记紧。”在萧朝贵对韦昌辉的千叮万嘱中，我们不难看出他对权力的留恋，而他能够倚赖的，主要还是韦昌辉。萧朝贵的预感或许是对的，杨秀清在一个月后复出，天兄在天父复出后的三四个月只好保持沉默。
杨秀清在金田团营即将完成的重要时刻病愈登场，对他来说，是再立天父权能和自己威严的良机。杨秀清复出后，“有神附体传言，比别人为多。每次代天父上帝传言时，严厉肃穆，责人罪恶，常指个人而宣传其丑行。彼又劝人为善及预言未来，或号令人应如何做法”，“每有所言即应验”。杨秀清是要通过天父的频繁出现，消灭萧朝贵执政时期带给他的一系列负面影响。
十月初一日，金田团营尚未完成。贵县石达开部在八月中旬己经到达金田，象州石龙村谭要也在此时率众抵达，但是陆川、博白、花洲、信宜等地的大批会众尚在途中，所以天兄在九月十五日仍然强调：“千祈秘密，不可出名先，现不可扯旗，恐好多兄弟不得团圆矣。”
萧朝贵直到九月还是坚持暂不起事的保守态度。十月初一日，杨秀清复出，否定萧朝贵的保守政策，果断采取迎接会众的措施，不惜与清军交火，大张旗鼓地准备起事。十月十八日，杨秀清派队伍至大洋墟迎接前来金田团营的陆川上帝会赖九所部，与清军激战，赖九所部顺利从上游渡得江，抵达金田。
十一月二十二日，杨秀清又派蒙得恩带人前往花洲，二十四日在思旺好大败得州协副将李殿元部，斩杀秦川巡检张铺，迎接洪秀全、冯云山返回金田，花洲上帝会众也到达金田，这就是著名的“迎主之战”。洪秀全、冯云山在八月份曾有与杨秀清会面的努力，但终因萧朝贵的阻拦未能成行。这次三人终于相见，地点不是在花洲而是在金田。洪、杨、冯的再次会面，点燃了金田起义的火种，也宣告萧朝贵超越杨秀清尝试的失败。同时也说明，即便萧朝贵不死，他也很可能会和杨秀清爆发矛盾。太平天国内斗的命运早已注定。