而在诸葛亮这堪称完美的一生中，有两个小小的"疑点"，被后世的人们经常讨论甚至争论，前者当然是重用马规丢了街亭之后的斩杀，后者则是在自己死之前一定要杀了魏延。
关于马该不该杀，这件事基本上没有太大的争议，而关于魏延该不该杀，后人争议颇大。在小说《三国演义》和电视剧中，魏延都是一个非常悲情的人物，在建安十六年(211年)时就已经投奔刘备麾下，并多次立下战功，得到刘备的赏识。
但是诸葛亮和刘备的高层领导却对魏延不满，而原因很简单，也让人很无语，那就是"吾观人后脑有骨，日久必反，万万不可重用，应斩"，当时魏延的脸色都变了，他本想凭借一身好功夫，在战场上取得好成绩，却没想到自己竟然被杀了。
刘备当然没有听诸葛亮的话，而是重用他，而魏延也没有辜负刘备的期望，先是率军平定了广汉郡，后来又攻克了战略要地雒城，表现出了卓越的才能，在建安二十四年(219年)，刘备入汉中王，诸侯王的职位得以提升，原本大家都认为汉中太守这个重要的职位应该由张飞担任，但最终还是被魏延得到，而人们在最初的惊讶过后也觉得理所当然。
魏延镇守汉中十年，从未有过丝毫闪失，在八年(230年)率军进入曹魏，并战胜了曹魏后将军费曜和雍州史郭淮，二人合力，因此被封侯，在九年(231年)建兴又击败了曹魏大军，斩首三千，将司马懿追了回来，可谓是威名赫赫，立下了无可比拟的功绩。
只是这也让魏延对于自己的才能更加自信，甚至觉得自己比诸葛亮还要厉害，每次诸葛亮北伐的时候，都请命人率奇兵直接进攻长安，而且因为计谋没有被采纳而认为是诸葛亮埋没了自己的才能，直到诸葛亮在建兴十二年(234年)去世之前仍然不听诸葛亮的旨意。
在言情和电视剧中，诸葛亮都说魏延如果不遵守遗诏，那就让马岱埋伏在那里杀了它，而在历史上，诸葛亮更是说魏延不遵守遗诏就去跟曹魏作对，那还跟他去，其实就是跟他死的意思，有点借刀杀人的意思，可见诸葛亮临死前计划杀掉魏延这件事，确实是真的。
只是诸葛亮为什么要杀魏延呢?难道真的像言情和电视剧里说的那样，魏延侯有反骨，那就太扯淡了，真相只有四个字，那就是"功高震主"。魏延本身的功劳很高，也有才能，也很自负，诸葛亮还是能压得住，但诸葛亮不仅不敢惊动朝廷，所以其只有死。