西晋王朝灭亡后，公元317年，镇守建康的司马睿在江南重建晋室，史称东晋;“十六国”史称源出于北魏崔鸿所撰的《十六国春秋》：“五凉、四燕、三秦、二赵，并成、夏为十六”。
从公元304年匈奴贵族刘渊建立汉国，316年灭掉西晋，到439年鲜卑拓跋部统一北方，这100多年里，北方各民族相互争战，先后建立了十六个国家。十六国之后，从公元420年开始，再到之后的169年，则是中国历史上的南北朝时期，也是一段分裂、动荡的时期。这个时期，前有东晋、五胡十六国，后有隋朝，南北势力相互更迭，长期对峙。
南朝包括宋、齐、梁、陈四朝，其中，各国的皇族以汉族、次级世族为主，因为，当时统治者的正确管理，使得当时的南朝国富力强，盛世频现。但是，由于世族本身只是想保全自己的政治地位，对于皇帝的支持是有所保留的，皇帝为了平衡政治力量，也经常扶持一些寒门子弟担任军事要职，这使得皇室内部的斗争非常激烈，皇室宗亲之间的血腥事件屡见不鲜。
伴随着北朝的不断发展，以及南朝自身出现的管理问题，使得南朝势力减退，而北朝逐渐兴盛起来。
北朝包括北、东、西三魏、北齐和北周五朝。北魏的皇室多为鲜卑族，深受五胡文化的影响，汉族官员多与胡人通婚，汉化运动一度非常兴盛。由于，北魏后期朝政混乱，治理不当，逐渐走向了衰败，在六镇民变之后彻底一蹶不振，最后，分裂成东西两魏，随后，又被北齐和北周取而代之。
建立初期，北齐以鲜卑文化为主，军事势力强盛，北周的国力及政治地位则与北齐相差甚远。随着后续的发展，北周形成了关陇胡汉集团，并以此最终灭掉了政治混乱的北齐。在周武帝去世之后，汉族人杨坚篡夺了皇位，灭北周，建隋朝，并通过南征灭掉了南朝陈，实现了中国的统一。
在南朝的疆土地域上，当时的南朝宋主要占领的是早先东晋的疆土，有22州左右。南朝齐基本上与南朝宋一样，也在22州上下。南朝梁，由于北伐的成功，夺得了淮北之地，疆土上较其他朝代也有了很大的变化，在539年的时候有107个州。侯景之乱发生之后，北齐主要统治了江北淮南地区，西魏则占领了汉中和巴蜀之地。
南朝陈国土不是很多，经过多年征战和发展，到569年才陆续收复了淮南和部分淮北地区。到了陈的末期，北周入侵，国土更是发生了锐减，仅存长江以南地区，以及交广地区。
北朝的政治统治地区与西晋和十六国相同，并采用了与南朝相同的州郡县三级制度，此制度沿用到隋朝正式建立之后，才改为了州县两级制度。北魏设置的都督，主要负责管理地方的军事及政治力量。到北齐，采用了行台制，后北周改为了总管制，均是管理州郡地区军事和日常行政的管理部门。
北朝疆土方面，北魏因为迅速崛起，在439年实现了华北的统一，结束了十六国的动荡时期。因为，其骁勇善战，屡次征战，使得其疆土不断扩大，山东、河南以及淮北之地，都是北魏的统治领域。北魏在扩充领域的同时，还采用了州郡制度，并采用因地制宜的管理办法，直到487年才开始了系统的治理和整顿。
在魏被分为东西两魏之后，东魏有80个州，西魏有33个州。北齐崛起之后，对行政区域进行了整顿和重新划分，废除了众多州、郡、县。而北齐被北周灭掉之后，北周又先后取得了南朝陈的江淮地区，使得北周的领土得到了更进一步的扩充。到588年，隋高祖讨伐南朝陈，后实现了南北统一。
在南北朝时期，时局动荡，战争连年，军事实力的不断兴盛，军权的流动，使得朝代也随之更迭。在军事制度上，南朝以募兵制为主。北朝，在北魏初期实行部族兵制，体现兵民合一，在实现华北统一之后，则改用世兵制。北朝后期府兵制出现，并成为了隋唐时期军事管理的基础制度。
南朝少有骑兵，多为步兵和水军，以世兵制为主。北朝这边，北魏以鲜卑族为主，故骑兵较多，之后伴随着华北的统一，汉族人不断加入军队当中，形成了步、骑兵混合的局面，随后，步兵成为了主要兵种，经过多重演变，后期则形成了兵户制度。
东魏和北齐的部队主要是由六镇镇民，以及洛阳的鲜卑兵组成。西魏和北周则因为受到鲜卑和汉文化的双重影响，而逐渐形成了府兵制度。府兵制的主要特点在于这些士兵，没有战争的时候可以正常耕作，过着平民生活，一旦战事爆发，则立即征做士兵，战场杀敌，是兵农合一的典型代表。
因为时代更革，自然免不了发生许多变化，可惜，府兵材料保存到今日的太少，差不多没法研究。但可以肯定的一点就是：这一制度，直到隋唐建立之后，仍被采用，并对后期演变的各类兵制产生了非常深远的影响。
参考资料：
【《南北朝历史》、《府兵制》】